Rjava gorčica se že stoletja uporablja kot zdravilo za zdravljenje bolezni, ki segajo od preprostih zobobolov do hudih konvulzij pri majhnih otrocih. Omeniti gorčico kot zdravilo običajno pomenijo rjavo gorčico. Takšno zdravilo se običajno pridobiva iz njegovih listov in semen. V antiki so Grki tako visoko cenili zdravilne lastnosti gorčice, da so jo imeli za darilo človeštvu, ki ga je ustvaril Asciepious, bog zdravljenja.
Najpogostejša uporaba gorčice kot zdravila je zunanja kot liniment, obkladek ali obliž. Gorčično olje z rahlim draženjem kože spodbuja cirkulacijo, kar lajša bolečine v mišicah. Gorčičnim obkladkom pripisujejo lajšanje nekaterih primerov bronhitisa in plevritisa.
Pri notranji zaužitju v majhnih količinah lahko sestavine gorčice uporabimo kot odvajalo ali za izboljšanje prebave. Poleg tega, če jih jemljemo v blagih odmerkih, izvlečki rahlo vnamejo želodec in povzročijo potenje. Potenje je včasih koristno pri zdravljenju vročine, prehlada in gripe. Semena, zaužita v velikih količinah, lahko povzročijo bruhanje. Pitje čajne žličke semen v kozarcu vode običajno povzroči bruhanje v 10 minutah. To zdravljenje se zato včasih uporablja pri nujnem zdravljenju prevelikih odmerkov alkohola ali drog.
V Indiji gorčico skuhajo v čaju za lajšanje bolečin v mišicah in okostju ter za zdravljenje vročine in prehlada. Kitajci nadalje uporabljajo medicinsko gorčico za zdravljenje razjed, abscesov in bolečin, ki so posledica revmatizma in lumbaga. Menijo, da so listi še posebej koristni pri zdravljenju vnetja mehurja.
Dodatne medicinske uporabe gorčice vključujejo napad na strup iz ugrizov kač in škorpijonov, lajšanje bolečin zaradi modric ali trdega vratu ter lajšanje kolik in težav z dihanjem. Olje iz gorčičnih semen naj bi spodbujalo rast las. Naveden je bil tudi kot sredstvo, ki pomaga pri zdravljenju lišajev.
Rjava gorčica se včasih uporablja tudi kot prehransko dopolnilo za povečanje telesne ravni železa, cinka, kroma in selena. Njegovo olje se pogosto uporablja pri masažni terapiji. Vse uporabe rjave gorčice niso koristne. Rjava gorčica vsebuje zelo dišečo in dražečo kemikalijo alil izotiocianat. Ta spojina je bila uporabljena za proizvodnjo gorčičnega plina kot kemičnega orožja v času vojne.
Semena in listi rjave gorčice vsebujejo več kompleksnih kemikalij. Vključujejo encime, glukozinate, žveplo, beljakovine in sluz. Zaradi delovanja teh kemikalij so nekateri kirurgi v preteklosti uporabljali pasto iz rjave gorčice za razkuževanje rok pred operacijo na pacientih.