Čeprav obstaja veliko možnih pomanjkljivosti in mnogi ljudje niso prepričani, ali je ta praksa moralno pravilna ali ne, so prednosti kloniranja številne. Nekatere vrste kloniranja se lahko uporabijo za ustvarjanje virov hrane z višjo hranilno vrednostjo, druge pa za ustvarjanje vrst zdravil ali zdravljenja. Ena izmed najbolj znanih prednosti kloniranja je presaditev organov, ki bi lahko rešila življenja žrtev nesreč in tistih, ki čakajo na darovanje organov.
Zdravstvene koristi kloniranja se lahko začnejo z dejansko prehrano telesa. Ne samo, da lahko klonirane krave in piščanci proizvedejo več jajc in mleka, ampak lahko znanstveniki tudi genetsko spremenijo hranilno vrednost teh živil. Dojenčki, ki ne morejo dojiti, lahko koristijo tudi nekaterim vrstam kloniranja živali. Na primer, krava, katere genska koda je manipulirana, lahko proizvaja mleko, ki vsebuje beljakovine, podobne tistim, ki jih najdemo v materinem mleku pri človeku.
Plodnost je še ena od možnih prednosti kloniranja. Za tiste, ki so sterilni, lahko ta rešitev daje upanje tam, kjer druge možnosti niso uspele. Eden najpogostejših procesov reproduktivnega kloniranja se začne z injiciranjem genskega materiala enega od staršev v jajčece. Ko je to storjeno, se jajčece stimulira z elektriko ali kemikalijami, nato pa se vstavi v maternico. Čeprav je bil ta proces do neke mere dosežen pri živalih, so potrebne nadaljnje raziskave, da bi ugotovili, ali bo deloval tudi pri ljudeh.
Poleg prehrane in plodnosti, koristi kloniranja segajo v zdravljenje in morda ozdravitev številnih zdravstvenih težav. Presaditev organov je najbolj znana medicinska uporaba za kloniranje. Včasih se pri živalih odvzamejo presajeni organi, ki jih človeški prejemniki redno zavračajo. Klonirane živali pa lahko nosijo človeške gene, zaradi česar je zavrnitev manj pogosta. Kloniranje je lahko koristno tudi pri nadomeščanju kosti, hrustanca in kože pri žrtvah opeklin in nesreč.
Druge medicinske prednosti kloniranja vključujejo ustvarjanje napredne medicine. Ta zdravila se lahko uporabljajo za zdravljenje srca in kostnega mozga, za nadzor sladkorne bolezni in revmatoidnega artritisa ter morda celo za zdravljenje bolezni ledvic in Parkinsonove bolezni. Poleg tega bi lahko kloniranje lahko pozdravilo tudi nekatere vrste raka z zamenjavo mutiranih genov z zdravimi, normalnimi. Ta proces je pogosto sestavljen iz jemanja imunskih celic iz pacientovega lastnega telesa, njihovega podvajanja in nato vrnitve v sistem.