Dve glavni aplikaciji prepoznavanja šarenice sta identifikacija in nadzor dostopa, čeprav se ta koncepta ne izključujeta in se eden pogosto uporablja za drugega. Identifikacija vključuje uporabo začetne slike, zajete s skenerjem šarenice, ki se shrani v bazo podatkov in se nato lahko uporabi za ponovno identifikacijo te osebe. Tovrstna tehnologija se že uporablja za hitrejšo identifikacijo potnikov in osebja na letalih in na mejnih prehodih ter za identifikacijo otrok. Uporaba prepoznavanja šarenice pri nadzoru dostopa običajno vključuje uporabo biometričnih skenerjev, ki zahtevajo skeniranje šarenice za dostop do računalniškega sistema ali odpiranje vrat.
Prepoznavanje šarenice je postopek, s katerim kamera posname fotografijo šarenice osebe, ki je struktura, ki obdaja očesno zenico. Ta slika se nato uporabi za ustvarjanje matematičnega identifikatorja, ki je edinstven za to osebo in njeno šarenico. Takšne metode so manj vsiljive kot skenerji mrežnice, ki lahko usmerjajo infrardečo svetlobo v človekovo oko, in so bolj edinstveni kot identifikatorji prstnih odtisov.
Ena najpogostejših aplikacij prepoznavanja šarenice je identifikacija za številne različne namene. Ko nekdo na začetku skenira šarenico, se za to osebo ustvari identifikator, ki je edinstven zanj. Ta identifikator temelji na strukturi šarenice, ki se zaradi staranja ne spreminja in je edinstvena tudi med enojajčnimi dvojčki in trojčki.
Prepoznavanje šarenice za identifikacijo se lahko nato uporabi za hitro in varno identifikacijo posameznikov. Posadke in osebje, ki delajo na letališčih ali v letalskih družbah, lahko s to vrsto identifikacije hitreje in lažje ugotovijo identiteto na varnostnih kontrolnih točkah. Prepoznavanje šarenice se uporablja tudi na prometnih mejah v Evropi in drugih območjih, da ljudem, ki pogosto prečkajo mednarodne meje, to omogočijo lažje. Identifikacija s to vrsto prepoznavanja se lahko uporablja tudi za sledenje zapornikom v policijskih in vojaških bazah ter za otroke, ki jih je potem lažje poiskati v primeru, da bi izginili.
Nadzor dostopa je druga pomembna uporaba prepoznavanja šarenice, ki je bila do sedaj uporabljena, in običajno se najprej opira na identifikacijo. Vrata se na primer lahko zaklenejo in jih je mogoče odkleniti le s pravilnim prepoznavanjem odobrenih posameznikov, običajno z biometričnimi skenerji, ki jih je mogoče uporabiti za prepoznavanje šarenic teh posameznikov. Računalniške sisteme je mogoče regulirati podobno, tako da od skenerja zahteva, da prepozna šarenico pooblaščenega uporabnika, preden dovoli dešifriranje in dostop do sistema. Te vrste varnostnih sistemov za prepoznavanje šarenice postajajo vse bolj dostopne in se bodo verjetno razvijale in uporabljale naprej, ko bo tehnologija postala dostopnejša.