Zdravljenje hipertrofije desnega prekata se razlikuje od bolnika do bolnika in je odvisno od osnovnih vzrokov za to stanje. Za zdravljenje nekaterih simptomov, povezanih s to motnjo, se lahko uporabljajo zdravila na recept, kot so zaviralci ACE, zaviralci beta in diuretiki. Za uravnavanje srčnega utripa se lahko uporabljajo naprave za vsaditev, kot sta srčni spodbujevalnik ali defibrilator. V hujših situacijah bo za uspešno zdravljenje bolezni morda potreben kirurški poseg ali celo presaditev srca. Ker za to stanje ni standardiziranega zdravljenja, se je treba o vseh vprašanjih ali pomislekih glede zdravljenja hipertrofije desnega prekata v posamezni situaciji pogovoriti z zdravnikom ali drugim zdravstvenim delavcem.
Zdravila na recept se lahko uporabljajo za zdravljenje posebnih stanj, povezanih s hipertrofijo desnega prekata. Nekatera od teh stanj vključujejo bronhitis, krvne strdke v pljučih in visok krvni tlak. Za pomoč pri izločanju odvečne tekočine iz telesa se lahko uporabljajo diuretiki, za nadzor ravni krvnega tlaka pa se običajno predpisujejo zaviralci ACE ali zaviralci beta. Po potrebi se lahko uporabijo dodatna zdravila za zdravljenje posameznih simptomov, ko se razvijejo.
Nekateri bolniki, pri katerih je diagnosticirano to stanje, bodo morda potrebovali srčni spodbujevalnik ali implantabilni defibrilator. Vsaka od teh naprav zahteva operacijo, čeprav se postopki običajno štejejo za minimalno invazivne in ne vključujejo dolgega obdobja okrevanja. Tako srčni spodbujevalnik kot defibrilator se uporabljata za uravnavanje srčnih ritmov, kirurg pa se bo odločil, katera od naprav je najbolj primerna za določeno situacijo.
Kirurgija odprtega srca se lahko uporablja kot metoda zdravljenja hipertrofije desnega prekata, če pride do hude poškodbe srca ali če manj invazivne metode zdravljenja niso bile uspešne. Ta vrsta kirurškega posega se lahko uporablja za popravilo srčnih zaklopk, odstranjevanje blokad ali zdravljenje kakršne koli poškodbe srca ali okoliških struktur. Pri operaciji na odprtem srcu so povezana pomembna tveganja, zato se pred izbiro te metode preučijo druge možnosti.
Presaditev srca se uporablja kot zadnja možnost zdravljenja za tiste s hipertrofijo desnega prekata in se uporablja le, ko je poškodba srca postala tako huda, da življenja bolnika ni več mogoče vzdrževati. Aparat srce-pljuča se lahko uporablja omejen čas, dokler srce darovalca ne postane na voljo. Po presaditvi bo treba zdravila jemati vsak dan do konca življenja, da se zmanjša možnost zavrnitve organa.