Zdravljenje disfunkcije avtonomnega živčevja je usmerjeno v ugotavljanje in obvladovanje posameznih simptomov, saj je pri vsakem bolniku prizadet drugačen. Nekatere najpogostejše metode zdravljenja vključujejo spremembe v prehrani, spremembo življenjskega sloga in uporabo zdravil brez recepta ali zdravil na recept. V določenih situacijah je lahko indicirana psihološka terapija ali svetovanje. Nekatere hude oblike lahko zahtevajo kirurški poseg. O vseh posebnih vprašanjih ali pomislekih glede najprimernejših metod zdravljenja disfunkcije avtonomnega živčnega sistema v posamezni situaciji se je treba pogovoriti z zdravnikom ali drugim zdravstvenim delavcem.
Ortostatska hipotenzija je pogost simptom in opisuje zdravstveno situacijo, v kateri krvni tlak močno pade, ko stojite, kar pogosto povzroči hude vrtoglavice. Čeprav se za zdravljenje tega stanja pogosto uporabljajo zdravila na recept, lahko pomaga tudi nekaj sprememb življenjskega sloga. Bolnikom pogosto svetujemo, naj počasi stojijo iz sedečega položaja in jih spodbujajo k manjšim in pogostejšim obrokom.
Zaprtje je pogosta težava pri tistih z disfunkcijo avtonomnega živčnega sistema. To stanje se običajno zdravi z dieto, bogato z vlakninami, in uporabo odvajal ali mehčalcev blata brez recepta. Anksioznost se lahko zdravi z zdravili na recept, svetovanjem ali kombinacijo obojega. Erektilna disfunkcija se lahko pojavi pri moških s tem stanjem in se običajno zdravi z zdravili na recept.
Zmanjšana sposobnost znojenja se pojavi pri velikem številu bolnikov z disfunkcijo avtonomnega živčnega sistema. Izogibanje pretirano toplemu okolju ali pogoste hladne prhe je lahko koristno za tiste s tem simptomom. Kapljice za oko se lahko uporabljajo za zdravljenje suhih oči, medtem ko ledeni koščki ali trde sladkarije lahko pomagajo pri mazanju ust. Bolniki, ki imajo težave s požiranjem ali dihanjem, bodo morda potrebovali kirurški poseg za raztezanje požiralnika ali odpiranje dihalnih poti.
Zaradi te motnje se lahko pojavijo težave s srcem, ki včasih postanejo dovolj resne, da zahtevajo kirurški poseg. Zdravila in spremembe v prehrani lahko v večini primerov pomagajo nadzorovati visok krvni tlak. Če srčne zaklopke ali druge cirkulacijske strukture ne delujejo pravilno, je včasih potrebno kirurško popravilo.
Različni simptomi disfunkcije avtonomnega živčnega sistema se od bolnika do bolnika zelo razlikujejo in se lahko celo občasno spreminjajo za vsakega posameznega bolnika. Za osebe s to motnjo je nujen natančen zdravniški nadzor, da lahko nadzorni zdravnik odkrije morebitne spremembe ali razvoj zapletov v najzgodnejših fazah.