Zdravljenje jetrne ciste je običajno odvisno od vrste ciste, kje se nahaja in od tega, ali povzroča težave z zdravjem bolnika ali ne. Če je jetrna cista benigna in nima opaznega vpliva na bolnikovo zdravje, zdravljenje morda sploh ni potrebno. V drugih primerih pa lahko zdravstveni učinki ali velikost zahtevajo zdravljenje in zdravniki lahko kot zdravljenje uporabijo antibiotike, drenažo ali operacijo. V nekaterih primerih lahko zdravniki celo zdravijo jetrno cisto z zdravljenjem osnovnega stanja, ki ga je povzročilo.
Eden od načinov zdravljenja ciste na jetrih je uporaba antibiotikov. Če se je cista razvila zaradi bakterijske okužbe, se lahko izkaže za koristno uporabo ustreznega antibiotika za določeno vrsto bakterijske okužbe. Dolžina časa, ki ga bo moral bolnik jemati antibiotik za zdravljenje jetrne ciste, je običajno odvisno od vrste okužbe in njene resnosti. V nekaterih primerih bo oseba morda morala jemati antibiotike en mesec ali več. Pri drugih pa je lahko dovolj večdnevna uporaba antibiotikov.
Drenaža se včasih uporablja tudi za zdravljenje preprostih cist, napolnjenih s tekočino. Zdravniki lahko na primer uporabijo drenažo za lajšanje pritiska, ki ga povzroča cista. Vendar drenaža ni vedno najboljša možnost za zdravljenje te vrste ciste, saj morda ne ozdravi stanja, zaradi katerega se je razvila. Namesto tega lahko bolnik sčasoma razvije nove jetrne ciste.
Kirurgija je še eno možno zdravljenje jetrnih cist. Najpogosteje se uporablja, ko so ciste zelo velike, povzročajo prevelik pritisk ali prispevajo k drugim zdravstvenim težavam. Uporablja se lahko tudi, če se ciste ne odzovejo dobro na druge vrste zdravljenja. Zanimivo je, da se vse jetrne ciste ne zdravijo z odprto operacijo; nekateri se zdravijo z laparoskopsko operacijo, ki vključuje le majhen rez, skozi katerega odstranimo cisto. Vrsta uporabljene operacije je običajno odvisna od tega, kako velika je cista in v katerem delu jeter se nahaja.
Včasih zdravljenje jetrne ciste vključuje skrb za sorodno stanje, ki je prispevalo k njenemu razvoju. Na primer, zdravniki lahko predpišejo zdravila za osnovno stanje in to zdravljenje lahko pomaga tudi pri zdravljenju ciste. Včasih pa je lahko zdravljenje jetrnih cist tako preprosto kot sprememba prehrane.