Obstajajo številna tveganja uporabe antibiotikov, ki jih je treba pretehtati pri odločanju o uporabi antibiotikov. V preteklosti je bilo preveliko predpisovanje antibiotikov velik problem, deloma zaradi pritiska bolnikov, in zdravniki trenutno ponovno razmišljajo o načinu predpisovanja in uporabe teh zdravil. Bolniki, ki se poučijo o tveganjih jemanja antibiotikov, se lahko bolj informirano odločajo o zdravilih, ki jih jemljejo.
Eno največjih tveganj je tveganje za skupnost, tveganje povečane odpornosti na antibiotike. Pogosteje kot so predpisani antibiotiki, večja je verjetnost, da bo organizem razvil odpornost. Ljudje z oslabljenim imunskim sistemom so resno ogroženi, če se okužijo z organizmi, odpornimi na zdravila, v nasprotnem primeru lahko zdravi posamezniki umrejo ali imajo resne zdravstvene zaplete z odporno okužbo. Za dobro skupnosti kot celote, omejevanje uporabe antibiotikov svetujejo številni zdravstveni organi.
Pri posameznikih je še ena nevarnost uporabe antibiotikov, da se ta zdravila pogosto predpisujejo za stanja, ki jih ne morejo zdraviti. Okužbe ušes, kašelj in prehlad pogosto povzročajo virusi in ne bakterije. Ta stanja izginejo sama od sebe brez zdravljenja. Predpisovanje antibiotikov v teh primerih ni potrebno in bolnike izpostavlja tveganjem neželenih učinkov antibiotikov.
Neželeni učinki antibiotikov vključujejo hude alergijske reakcije, drisko, slabost, bruhanje in izpuščaje. Antibiotiki uničijo dobre bakterije skupaj s slabimi in bodo motili ravnovesje črevesne flore, kar bo prispevalo k gastrointestinalnim težavam. Druga tveganja uporabe antibiotikov vključujejo škodljive interakcije z zdravili. Antibiotiki lahko reagirajo s številnimi zdravili, od hormonske kontracepcije do sredstev za redčenje krvi, kar lahko povzroči resne zdravstvene zaplete.
Tveganja uporabe antibiotikov vključujejo ranljivost za oportunistične okužbe pri ljudeh, ki jemljejo antibiotike, in oslabljen imunski odziv pri ljudeh, ki so ta zdravila močno uporabljali v svojem življenju. Nekatere študije o virusu humane imunske pomanjkljivosti (HIV) kažejo, da so ljudje z oslabljenim imunskim sistemom izpostavljeni povečanemu tveganju, da se okužijo z virusom HIV in da je večja verjetnost, da bodo razvili visoko virusno obremenitev, ki bo napredovala v popolni sindrom pridobljene imunske pomanjkljivosti ( AIDS).
Pri predpisovanju antibiotikov je priporočljivo vprašati zdravnika, zakaj so zdravila predpisana, kako jih je treba uporabljati in ali so na voljo alternativna zdravila. Bolniki bodo morda želeli vprašati, ali bo okužba izginila sama od sebe brez zdravljenja z antibiotiki. Prav tako naj se vprašajo, kako odgovorno odstraniti ostanke zdravil.