Potencialna tveganja bioprotetične srčne zaklopke lahko vključujejo mehansko hemolitično anemijo, odpoved, endokarditis in zavrnitev. Obstaja tudi možnost za težave s koagulacijo, čeprav je to pogosteje pri mehanskih ventilih in ga je mogoče ustrezno preprečiti z antikoagulantno terapijo za zaščito bolnika. Ta tveganja je mogoče upoštevati, preden bolniku priporočamo bioprotetično zaklopko, ki se bo morda želel pogovoriti o razpoložljivih možnostih z zdravnikom, preden se odloči, kako nadaljevati z zamenjavo srčne zaklopke. Prav tako se je treba zavedati, da je za spremljanje zdravja srca in potrditev delovanja naprave potrebno stalno spremljanje.
Pri mehanski hemolitični anemiji turbulenca v krvi, ki jo povzroča bioprotetični ventil, povzroči uničenje rdečih krvnih celic. To lahko preseže sposobnost telesa za proizvodnjo novih rdečih krvnih celic, kar sčasoma vodi do splošnega padca njihovih koncentracij. Bolniki s hemolitično anemijo lahko doživijo simptome, kot so utrujenost in modrilo na okončinah, ker njihova telesa ne dobijo dovolj kisika. Krvni test lahko razkrije znake, da ni dovolj rdečih krvnih celic, in če ima bolnik nadomestno srčno zaklopko, se lahko sumi na to, da je krivec.
Odpoved ventila je še posebej zaskrbljujoča pri bioprotetičnih ventilih, ker so manj trpežni od svojih mehanskih dvojnikov. Sčasoma se lahko prašičji, goveji, konjski ali človeški sestavni deli ventila začnejo pokvariti, zaradi česar deluje manj učinkovito; v 10 do 15 letih bo bolnik morda potreboval novega. Nekateri zdravniki se izogibajo bioprotetičnim srčnim zaklopkam pri bolnikih, mlajših od 65 let, ker lahko bolnik sčasoma potrebuje več operacij za zamenjavo ene ali več okvarjenih naprav, kar lahko predstavlja nesprejemljivo tveganje.
Endokarditis je tudi potencialno tveganje, čeprav je majhno, zahvaljujoč čisti proizvodnji in kirurškim tehnikam ter drugim nadzorom, namenjenim omejevanju možnosti okužb. Mehanske in bioprotetične zaklopke delujejo približno enako, ko gre za možnosti za razvoj endokarditisa. Bolniki bodo morda morali sprejeti nekatere preventivne ukrepe, kot je uporaba antibiotikov pred zobozdravniškimi posegi, da se zaščitijo pred to potencialno nevarno okužbo.
Končno, obstaja možnost zavrnitve z bioprotetičnim ventilom, kar je manj težava pri mehanskih možnostih, ker so izdelane iz biokompatibilnega materiala. Telo lahko donorski material prepozna kot grožnjo in ga začne napadati, kar povzroči odpoved ventila. Za omejitev tveganja zavrnitve se lahko uporabijo zdravila ali pa zdravnik razmisli o priporočilu avtotransplantata, pri katerem se material za bioprotetično zaklopko pobere neposredno od pacienta.