Uporaba zobne paste sega vse do 5000 let pred našim štetjem in ima daljšo zgodovino kot zobne ščetke. Številne starodavne civilizacije so za čiščenje zob uporabljale neko vrsto zobne paste, čeprav so jo pogosto uporabljali v obliki prahu in ne kot pasto. Zgodovina zobne paste se v vsaki državi razlikuje in vsaka kultura je imela svoje recepte in rituale za ohranjanje čistih zob. Egipčani so bili med prvimi, ki so uporabljali zobno pasto in vanjo pogosto vključevali sestavine, kot so oglje in jajčne lupine, čudne sestavine, kot je milo, pa so bile na nekaterih območjih že stoletja pogoste. Mnogi strokovnjaki verjamejo, da so ga v 5. stoletju pred našim štetjem začele uporabljati tudi indijske in kitajske kulture.
Egipčani so ustvarili svoje zgodnje zobne paste z različnimi sestavinami. Nekateri recepti za egipčansko zobno pasto so morda vključevali zažgane jajčne lupine, pepel volovskih kopit, smirno, plovcem in vodo, pomešano skupaj. Pred izumom zobne ščetke je bilo uporabljenih veliko receptov, zato so Egipčani za nanašanje zobne paste uporabljali konce palčk, pogosto imenovane žvečilne palčke.
V zgodnji zgodovini zobne paste se domneva, da so stari Grki in Rimljani v svoje recepte za zobne paste raje dodajali trše predmete, da bi ustvarili grobo, abrazivno pasto, ki bi dobro čistila. To so dosegli z mletjem lupin in kosti ostrig. Receptom rimskih zobnih past so dodali tudi oglje in lubje ter arome za osvežitev daha.
Kitajci so imeli tudi različne recepte za zobno pasto in pogosto so uporabljali zelišča in sol v upanju, da si bodo očistili zobe. Da bi osvežili dih, so Kitajci žvečili dišeče palčke z dreves. Mnogi strokovnjaki za zgodovino zobne paste verjamejo, da so Kitajci izumili tudi prvo zobno ščetko v 15. stoletju pred našim štetjem.
Od 1800-ih do leta 1945 so številni recepti za zobne paste vsebovali milo, ki je zagotavljalo bolj gladko teksturo. Po letu 1945 pa so v ta namen uporabili sestavine, kot je natrijev lavril sulfat. Tekstura paste z gladilnimi sestavinami je bila zelo podobna zobnim pastam, ki se uporabljajo v sodobnem času. Kreda je bila tudi pogosta sestavina zobnih past od sredine do konca 1800. stoletja, betelov orešček pa je bil redno vključen v običajne recepte za zobne paste, ki se uporabljajo v Angliji.
V poznejši zgodovini zobne paste se je izdelek še naprej razvijal. Ustvarjene so bile napredne formule za beljenje in dodan je bil na primer fluorid. Ugotovljeno je bilo, da fluor preprečuje zobno gnilobo, za preprečevanje porumenelost zobne sklenine pa so bile uporabljene formule za beljenje. Prav tako so postale običajne posebne zobne paste, vključno s formulami za tiste s temperaturno občutljivimi zobmi, občutljivimi dlesni in simptomi suhih ust.