Zgodovino homeopatije lahko zasledimo do leta 1779, ko je dr. Samuel Hahnemann pridobil medicinsko diplomo in začel eksperimentirati z razredčenimi snovmi za zdravljenje bolezni. Ta nemški zdravnik je razvil »zakon podobnih«, ki je ostal temeljna premisa skozi celotno zgodovino homeopatije. Da bi bilo zdravljenje učinkovito, mora povzročiti simptome same bolezni, je teoretiziral Hahemann med svojim 50-letnim prakticiranjem homeopatskega zdravljenja.
Homeopatija se je razvila iz tipičnih zdravil, ki so se uporabljali v poznem 18. stoletju, ki je bilo polno vraževerja o tem, zakaj so ljudje zboleli. Zdravniki tiste dobe so uporabljali bruhanje, klistirje, puščanje krvi in zelišča, da so telo osvobodili bolezni. Številnim bolnikom se je zaradi tega zdravljenja poslabšalo in umrlo.
Dr. Hahnemann se je začel zanimati za zgodovino homeopatije, ko je prevajal drugo doktorsko tezo v nemščino. Eksperimentiral je z razredčitvami lubja cinchona, ki je bilo takrat sprejeto zdravilo za malarijo. Po nekaj dneh se je pri Hahnemannu pojavila bolečina in vročina, ki se štejeta za zgodnje opozorilne znake malarije. Ugotovil je, da mora zdravilo povzročiti simptome bolezni, preden postane učinkovito. Nekateri zdravniki so te teorije obsodili, vključno z ameriškim zdravnikom in avtorjem Oliverjem Wendell Holmesom.
Hahnemannove ugotovitve so pripeljale do odprtja na stotine homeopatskih bolnišnic in šol po vsem svetu. Homeopatija je postala priljubljena, ker je manj ljudi umrlo zaradi teh manj strupenih zdravil. V tem času v zgodovini homeopatije so se tradicionalni zdravniki še vedno osredotočali na preučevanje bolezni in možnosti zdravljenja.
V začetku 20. stoletja so se pojavila odkritja o tem, kako mikrobi prispevajo k bolezni. Zanimanje za homeopatijo je začelo upadati in šole, ki poučujejo to obliko medicine, so se začele zapirati. Ponovni vzpon uporabe homeopatije se je pojavil v sedemdesetih letih prejšnjega stoletja, ko so se ljudje začeli zanimati za celostne pristope k bolezni.
Sodobne homeopatske prakse uporabljajo več kot 3,000 zdravil za različne bolezni. Homeopatija opredeljuje zdravilo kot uporabo določene snovi za zdravljenje bolezni, kar se razlikuje od tradicionalnega pomena uporabe zdravila za zdravljenje bolezni. Snovi lahko izvirajo iz rastlin, mineralov, živali in sintetičnih izdelkov, ki so zelo razredčeni. Nekateri zdravniki predpisujejo obolele telesne tekočine, vključno s krvjo, urinom in blatom, v majhnih odmerkih, imenovanih nozode. Druga homeopatska zdravljenja uporabljajo zbrano deževnico kot zdravilo.
V Indiji zgodovina homeopatije sega v leto 1835, ko je bil romunski zdravnik John Martin Honigberger poklican, da bi zdravil vplivnega maharadžo zaradi otekanja stopal in paraliziranih glasilk. Maharadža je bil ozdravljen in tako navdušen, da je naročil homeopatijo za konja, ki je utrpel razjedo na nogi. Dr. Honigberger je kasneje postal znan kot strokovnjak za zdravljenje kolere v Indiji.