Zgodovina državne zastave Mississippija vključuje odcepitev države od Unije, obnovo in glasovanje v 21. stoletju za spremembo stare zasnove. Mississippi ni imel zapisane zastave, dokler se ni odcepil od Unije leta 1861 in ustvaril zastavo, ki predstavlja novo suvereno državo Mississippi. Leta 1894 se je državni zakonodajalec odločil ustvariti novo zastavo, ki bo sovpadala s mestom države v združeni državi. Ta zastava je služila kot uradna državna zastava Mississippija 107 let, ko je potekalo glasovanje o tem, ali naj se tradicionalni dizajn spremeni ali ne.
Odločitev prebivalcev Mississippija, da se odcepijo od Unije, je povzročila potrebo po državni zastavi Mississippija. Sprva so sprejeli modro zastavo Bonnie, ki jo je uporabljala nekdanja republika Florida. Ta zastava je bila preprosto modro ozadje z belo zvezdo na sredini in je bila le nekaj tednov uradna zastava. Zakonodajalec ga je hitro spremenil tako, da je modri kvadrat in belo zvezdo premaknil v vogal belega ozadja, na sredino dodal drevo magnolije in ob strani rdečo črto.
Ko so bile države ob koncu državljanske vojne ponovno združene, je Mississippi ustvaril novo zastavo z bojno zastavo Konfederacije v vogalu in rdečo, belo in modro črto, ki poteka čeznjo. Ta zastava je poslala mešano sporočilo o svojem izvoru. Na primer, bojna zastava Konfederacije je bila večini ljudi videti kot simbol članstva Mississippija v Konfederaciji, vendar jo uradni opis zastave imenuje kvadrat Unije. Obstaja 13 zvezd, ki zapolnjujejo križ, ki bi lahko simboliziral bodisi 13 prvotnih kolonij ali 13 držav, ki so bile del Konfederacije.
Tovrstna dvoumnost v pomenu državne zastave Mississippija je nekatere ljudi privedla do dvoma o njeni veljavnosti v 20. stoletju. Leta 2001 je guverner Musgrove podpisal zakon, ki prebivalcem Mississippija omogoča, da glasujejo za ohranitev stare zastave ali spremembo v novo obliko, ki bi povzročila manj polemik. Nova zasnova je imela enake rdeče, bele in modre črte, vendar se je vogalni kvadrat spremenil v modro ozadje z 19 majhnimi zvezdami in eno veliko zvezdo, ki je predstavljala Mississippi in 19 drugih držav, ki so bile del Unije leta 1817. velika večina je glasovala za to, da državna zastava Mississippija ostane takšna, kot je bila že več kot 100 let.