Organizacijska struktura univerze se nanaša na hierarhijo, prek katere se izvaja prenos odgovornosti. To daje zaposlenim in študentom občutek, kdo komu odgovarja in na koga se obrniti, če se pojavi težava. Posebna organizacijska struktura univerze se lahko razlikuje glede na institucijo, čeprav je v večini primerov izvršna raven najvišja stopnja na organizacijski lestvici. Ta raven vključuje predsednika fakultete ali univerze, pa tudi rektorja, če obstaja, in upravni odbor, če obstaja. Drugi položaji na tej ravni vključujejo zakladnike in rektorje ter podpredsednike ali podpredsednike.
Medtem ko v večini primerov obstaja samo en predsednik na visoki šoli ali univerzi, lahko v organizacijski strukturi univerze obstaja več podpredsednikov. Ti podpredsedniki so lahko odgovorni za najrazličnejše naloge na manjših univerzah, medtem ko se lahko na veliko večjih univerzah ukvarjajo le z enim ali dvema specifičnima področjema delovanja kolegija. Podpredsednik za študentske zadeve se bo na primer ukvarjal predvsem s študentskimi dejavnostmi, težavami, dosežki in proračunskimi skrbmi. Podpredsednik za finance se bo ukvarjal izključno s financami univerze, njegova pristojnost pa lahko sega na vse oddelke znotraj univerze.
Akademski dekani so predstojniki različnih oddelkov v organizacijski strukturi univerze. Angleški oddelek bo na primer imel dekana, ki v bistvu vodi ali kako drugače nadzoruje vse funkcije tega oddelka. Dekan znanosti o življenju bo vodil poseben oddelek za naravoslovje na univerzi, dekan medicine pa bo nadzoroval vse medicinske programe, ki jih ponuja univerza. Dekan lahko opravlja tudi druge položaje v strukturi univerze, čeprav to na nekaterih šolah ni običajno. Programi imajo lahko tudi pridružene dekane, ki odgovarjajo dekanu; ti ljudje so odgovorni za pomoč pri vodenju oddelka in reševanje kakršnih koli posebnih težav, s katerimi se sooča oddelek.
Organizacijska struktura univerze se lahko od tam razveja in vključuje druge programe, kot so atletski programi, urejanje prostora, študentska uprava, stanovanjski oddelki in še veliko več. Posebno mesto v hierarhiji teh položajev se lahko razlikuje glede na prednostne naloge posamezne univerze. V mnogih primerih lahko pride do reorganizacije, da se struktura ponovno določi prednostno, tako da so sredstva pravilno dodeljena in delovna doba ustrezno obravnavana. Organizacijsko prestrukturiranje je lahko težko in stresno za vse člane univerzitetne strukture, zato je pogosto najbolje poiskati sistem, ki deluje in se ga držati.