Struktura amilaze, encima, ki razgrajuje škrob in kompleksne sladkorje v enostavne sladkorje, je običajno precej preprosta, vendar ima encim pomembno vlogo pri prebavi ogljikovih hidratov. Obstajata dve različni različici te molekule, imenovani alfa amilaza in beta amilaza. Človeško telo ima dve vrsti alfa amilaze, eno v slini in drugo v trebušni slinavki. Obe molekuli sta pomembni pri prebavi ogljikovih hidratov, saj telo ne more prebaviti kompleksnih sladkorjev in škroba, ne da bi jih najprej razgradilo. Beta amilaze ni prisotna v človeškem telesu, običajno jo najdemo v rastlinah in semenih.
Čeprav se struktura in vrsta amilaze lahko razlikujeta med organizmi, obstajajo nekatere značilnosti, ki so skupne vsem molekulam amilaze. Alfa in beta amilaze vsebujeta strukturo, imenovano sodčasto območje, ki prispeva velik del celotne oblike encima. Vsi encimi imajo tudi bistveno področje, imenovano aktivno mesto. To je del encima, ki se veže na kompleksni sladkor ali škrob, da ga razgradi. Proces razgradnje ogljikovih hidratov na aktivnem mestu vključuje interakcije med več skupinami atomov in ionov, tako na aktivnem mestu kot na molekuli ogljikovih hidratov.
V človeškem telesu je struktura amilaze podobna, ne glede na to, ali jo najdemo v slini ali v trebušni slinavki. Obe človeški različici amilaze sta majhni molekuli, sestavljeni iz ene same verige gradnikov, imenovanih aminokisline. Aminokislinska veriga tvori tri različne regije, imenovane domene, in vsaka domena ima specifično biološko funkcijo, ki pomaga pri razgradnji ogljikovih hidratov. Dve od teh domen sta tesno povezani skupaj, medtem ko se lahko tretja domena med amilazami močno razlikuje. Kljub podobnosti amilaze sline in trebušne slinavke niso zamenljive; amilaza trebušne slinavke običajno konča delo, ki ga je začela amilaza v slini.
Čeprav je struktura amilaze običajno preprosta, obstajajo nekatere različice, ki so bistveno bolj zapletene od večine. Večina alfa amilaz je po dolžini zelo podobnih, vendar se nekatere zložijo v več kot tri skupne domene. Nekatere beta amilaze so ogromne v primerjavi z alfa amilazami, saj vsebujejo štiri ločene aminokislinske verige namesto ene. V tem primeru je zgrajena struktura amilaze, ki je štirikrat večja od večine drugih. Veliko znanih živilskih pridelkov vsebuje to vrsto amilaze, vključno z ječmenom, sojo in sladkim krompirjem, vendar velikost molekule amilaze ne poveča ali zmanjša prehranskih lastnosti rastline.