Čeprav se izraza “zapor” in “zapor” včasih uporabljata kot sinonim, večina pripadnikov organov pregona razlikuje med obema. Razlika je predvsem v tem, da lokalne sodne oblasti, kot so okrožja in mesta, uporabljajo zapor za krajše časovno zaprtje ljudi. Zapor ali kaznilnico upravlja država in se uporablja za bivanje obsojenih kriminalcev za daljša obdobja. Oba sta del širšega kazenskega sistema, ki vključuje druge vidike kazenskega pravosodja, kot so sodišča, organi kazenskega pregona in kriminalistični laboratoriji.
Ker je zapor zasnovan le za kratka obdobja, ima običajno manj udobja kot zapor. Posameznikom, ki so nastanjeni v zaporu, je omogočen dostop do kopalnic in oskrbe s hrano in vodo, v zaporu z nizko stopnjo varnosti pa se lahko v določenih obdobjih dneva družijo v skupnih prostorih. Večina zaporov je zasnovanih tako, da zadržijo zelo majhno število kriminalcev in imajo relativno šibko varnost v primerjavi z zapori, čeprav se na območjih, ki so nagnjena k nasilju, zapor lahko vodi po zelo strogih merilih. V zaporu so nastanjeni ljudje, ki so bili obsojeni na kratko kazen, posamezniki, ki čakajo na sojenje, osebe, ki še niso plačale varščine, in priporniki, ki so bili pravkar prijeti zaradi suma storitve kaznivega dejanja. Zločinci so obdelani s postopkom rezervacije, kazenskopravni sistem pa se odloči, kaj bo po tem storil z njimi.
V zaporu so ugodnosti veliko obsežnejše, saj nekateri zaporniki morda prestajajo življenje za zapahi. Zapori imajo prostore za vadbo, skupne prostore za prehranjevanje in druženje v nižje varovanih območjih, cerkvene objekte in izobraževalni objekt, ki vključuje učilnice, knjižnice in laboratorije za delo in študij. kaznivih dejanj belih ovratnikov, bi lahko zapor včasih zamenjali za hotel. V večini primerov se pričakuje, da bodo zaporniki delili celice z drugimi zaporniki, zaradi dolgotrajnosti večine zapornih kazni pa se med zaporniki poraja kompleksna družbena in politična struktura.
Zapor je sposoben obravnavati veliko več zapornikov kot zapor, in zaporniki so običajno ločeni na podlagi vrst kaznivih dejanj, za katera so bili obsojeni, kot varnostni ukrep. Poleg tega v državah, ki še vedno veljajo za smrtno kazen, ima zapor prostore za izvrševanje smrtne kazni, skupaj s stanovanji za zločince, obsojene na to vrsto kazni. Na splošno je zaporni objekt kot celota zelo dobro zavarovan, tudi če niso vsi kriminalci v notranjosti nasilni, da se preprečijo pobegi ali morebitno nasilje med krili zapora. Zaporniško osebje je posebej usposobljeno za delo v zaporniškem okolju, upravljanje zaporov pa nadzoruje svet guvernerjev, ki ga imenuje država.