Tako vohunska programska oprema kot virusi poškodujejo računalniško programsko opremo ali datoteke, znane kot zlonamerna programska oprema, vendar se širijo drugače. Pomembna razlika med računalniško vohunsko programsko opremo in virusom je v tem, da vohunska programska oprema vohlja v računalniške dejavnosti in pogosto pošilja podatke o uporabniku tretji osebi, medtem ko virus ne. Druga pomembna razlika je v tem, da virus za razliko od vohunske programske opreme pogosto naredi kopije samega sebe in poskuša uporabiti en računalnik za širjenje virusa na druge. Čeprav lahko oboje negativno vpliva na delovanje računalnika, vohunska programska oprema redko poskuša škodovati sistemu, medtem ko virusi pogosto povzročijo veliko trajnejšo škodo.
Vohunska programska oprema in virus se običajno naložita v računalnik, ne da bi se uporabnik zavedal, in se izvajata brez uporabnikove vednosti ali privolitve. Tipičen način dostave vohunske programske opreme je v paketu z drugimi datotekami ali programi, ki jih uporabnik računalnika izbere za prenos. Vohunska programska oprema se prikrade v sistem uporabnika skupaj z želenim materialom. Virusi pa se najpogosteje širijo kot priloge k e-pošti ali prek neposrednih sporočil, čeprav se lahko skrijejo tudi v prenesenem gradivu.
Čeprav lahko oba škodita računalniku, je druga razlika med vohunsko programsko opremo in virusom v glavnem namenu zlonamerne programske opreme. Vohunska programska oprema je zasnovana z namenom beleženja dejavnosti uporabnika računalnika in posredovanja teh informacij tretji osebi. Lahko sledi navadam pri uporabi računalnika in posreduje informacije oglaševalcem in drugim. Druga, bolj nevarna uporaba lahko ukrade zasebne podatke, kot so e-poštni naslovi, gesla, številke kreditnih kartic in drugi pomembni osebni podatki, in jih posreduje hekerju ali tatu identitete.
Glavni namen virusa je kopiranje in širjenje samega sebe. Pogosto se večkrat ponovi, s čimer porabi vire računalnika in povzroči odpoved sistema. Druga pogosta taktika virusov je dostop do e-poštnega imenika uporabnika računalnika in pošiljanje svojih kopij na vse naslove. Prav tako lahko poskuša uporabiti druge načine prenosa, kjer en računalnik komunicira z drugim, na primer v storitvah skupne rabe datotek in neposrednih sporočilih. Vohunska programska oprema se ne kopira in ne prenaša na druge računalnike z uporabo okuženega sistema.
Druga razlika med vohunsko programsko opremo in virusom vključuje namen avtorja. Avtor vohunske programske opreme običajno želi zbrati informacije, ki bodo uporabljene za različne namene. Vohunska programska oprema za to potrebuje operacijski sistem, zato redko škoduje računalniku, čeprav uporablja vire računalnika in lahko povzroči počasnejšo delovanje. Virusi so pogosto napisani z bolj destruktivnimi nameni in pogosto naredijo računalniške sisteme in omrežja neuporabne. Ko se virusi sami razširijo, pogosto povzročijo trajno škodo operacijskemu sistemu in strojni opremi.