Obstajajo tri glavne razlike med področji konvencionalne in alternativne medicine. Konvencionalna medicina se opira predvsem na študije učinkovitosti, ki temeljijo na zdravljenju, v primerjavi z alternativnimi načini zdravljenja, ki običajno ne zahtevajo visokega standarda znanstvenih dokazov. Alternativni zdravniki običajno gledajo na zdravje pacienta kot celote kot na osnovo za zdravljenje, medtem ko konvencionalni zdravstveni delavci pogosto gledajo le na problematično področje telesa. Izobrazbene kvalifikacije in standardi licenciranja so lahko tudi strožji za običajne zdravnike v primerjavi z alternativnimi zdravniki.
Konvencionalna medicina se imenuje tudi znanstvena medicina, zaradi načinov, kako zdravniki izberejo ustrezno zdravljenje za bolnika. Klinične študije, ki obravnavajo ljudi z določeno težavo in kako jim določeno zdravljenje koristi, so osnova klasične medicine. Ta metoda preverjanja, ali zdravljenje deluje in kako dobro deluje, omogoča zdravnikom, da zavržejo zdravljenje, ki ni učinkovito, in uvedejo zdravljenja, ki so bolj koristna za pacienta. Konvencionalna in alternativna medicina se razlikujeta po tem, da lahko alternativni zdravniki svoje zdravljenje vključijo v postopek klinične študije, vendar to ni bistveni del postopka za izbiro zdravljenja.
Primeri konvencionalnih medicinskih praks vključujejo kemoterapijo, operacije in cepljenja. Alternativne metode zdravljenja vključujejo akupunkturo, homeopatijo in zeliščarstvo. Alternativne terapije so tehnično tiste, za katere se ljudje odločijo namesto konvencionalnega zdravljenja, medtem ko so komplementarne terapije tiste, za katere se bolniki odločijo, pa tudi za konvencionalno zdravljenje.
Eden od razlogov, zakaj se človek lahko obrne na konvencionalno in alternativno medicino in izbere slednjo, je ta, da zdravniki gledajo predvsem na mesto težave v telesu in lahko zanemarjajo preostanek telesa. Alternativni zdravniki običajno poskušajo celostno obravnavati celotno telo. To se lahko bolje ujema z duhovnim ali filozofskim načinom gledanja na bolezen in lahko daje pacientu tudi občutek, da ima več nadzora nad svojim telesom v primerjavi s potencialno bolj avtoritarnim pristopom konvencionalnega medicinskega strokovnjaka. Zdravniki konvencionalne in alternativne medicine se lahko tudi močno ne strinjajo glede vzrokov bolezni, pri čemer se konvencionalni zdravniki osredotočajo na znanstvene raziskave, medtem ko se lahko alternativni zdravniki ukvarjajo s konceptom, kot so energetska polja ali neusklajene skeletne strukture.
Na splošno, če alternativna medicina deluje učinkovito in lahko uspešno preide skozi proces klinične študije, postane del konvencionalne medicine. Primer je medicinska marihuana, ki ima svoje mesto v tradicionalni zeliščni medicini, vendar ni bila odobreno zdravilo, dokler ni opravila kliničnih študij in postala širše sprejeta v konvencionalni medicini. Ker so konvencionalni zdravstveni delavci previdni pri novih zdravljenjih, dokler se ne izkaže, da so varna in učinkovita, zdravniki raje zaupajo konvencionalnim zdravilom kot alternativnim zdravljenjem. Potencialne nevarnosti alternativnih zdravil vključujejo zastrupitev ali telesne poškodbe, ali če zdravljenje sploh ne deluje, lahko bolnik utrpi nepopravljivo škodo, ki bi se ji lahko izognili s takojšnjim običajnim zdravljenjem. Običajno so tveganja običajnih možnosti dobro znana, prav tako tudi koristi.
Ker področje alternativne medicine vsebuje toliko različnih praks, ki pogosto ne temeljijo na zdravljenju, ki prestaja stroge klinične študije, je lahko ureditev tega področja s strani vladnih organov nižjega standarda kot običajni zdravniki. Običajno mora zdravnik ali medicinska sestra v konvencionalnem zdravstvenem sistemu opraviti visok standard izobraževanja in pridobiti licenco, da lahko opravlja medicino, medtem ko alternativnemu zdravniku morda sploh ni treba upoštevati vladnih standardov, temveč se držati določenih smernic. s strani industrijskega organa.