Medtem ko sta rootkit in virus obe vrsti zlonamerne programske opreme ali zlonamerne programske opreme, se običajno uporabljata za doseganje različnih namenov pri računalniškem napadu. Rootkit je običajno nameščen v računalniški sistem, da se nepooblaščenemu uporabniku omogoči, da še naprej pridobi dostop do tega sistema, ali da skrije prisotnost in dejavnosti drugih vrst zlonamerne programske opreme. Po drugi strani pa so virusi vrste zlonamerne programske opreme, ki so običajno zasnovane za napad na računalniški sistem na zelo specifičen način in za dosego določenega cilja.
Kljub temu, da sta rootkit in virus obe obliki zlonamerne programske opreme, se uporabljata za doseganje različnih nalog. Rootkit je zlonamerni program, ki ga je mogoče namestiti v računalnik na različnih ravneh operacijskega sistema (OS) in nato prikriti druge dejavnosti. Ta vrsta programa običajno okuži »koren« operacijskega sistema v računalniku, od tod tudi ime, kar omogoča, da se s tem sistemom izvajajo druge dejavnosti, ki jih nato skrije rootkit. Rootkit se pogosto uporablja za ustvarjanje vratne vstopne točke v računalniški sistem, ki jo nepooblaščeni uporabnik uporablja za dostop do tega sistema v prihodnosti ali pa se lahko uporabi za skrivanje okužbe z virusom ali drugo vrsto zlonamerne programske opreme.
Glavna razlika med rootkitom in virusom je v tem, da virus običajno ne deluje tako, da skrije dejavnosti drugih programov ali omogoči dostop do sistema. Virus se običajno razvije za dosego določenega učinka, pogosto z napadom na določen računalniški sistem. Čeprav lahko virus v računalniškem sistemu precej miruje in ostane skrit, dokler določen dogodek ne aktivira virusa, bo običajno ustvarjen za sprožitev zelo specifičnega napada na sistem, ki ga okuži.
Obstaja tudi nekaj velikih razlik v tem, kako je mogoče rootkit in virus odstraniti iz računalniškega sistema ali OS. Viruse je pogosto mogoče najti in odstraniti prek uporabnika protivirusnega programa, čeprav se lahko zelo novi virusi nekaj časa izognejo odkrivanju. Vendar je rootkit lahko zelo težko najti, običajno vključuje zelo dovršene varnostne postopke in ga je skoraj nemogoče odstraniti. Morda bo treba trdi disk v računalniku popolnoma izbrisati in znova namestiti OS, da odstranite rootkit iz računalnika. Navsezadnje pa sta tako rootkit kot virus lahko zelo uničujoča za računalnik in vsak uporabnik računalnika bi se moral potruditi, da se izogne kakršni koli zlonamerni programski opremi.