Razlika med protivohunsko in protivirusno programsko opremo je lahko v veliki meri odvisna od posamezne zadevne programske opreme ter od tega, kako je zasnovana in razvita. Protivohunski programi so običajno zasnovani tako, da posebej najdejo vohunsko programsko opremo v računalniku in jo odstranijo. To je precej podobno protivirusnim programom, ki so razviti za iskanje in odstranjevanje ali izolacijo virusov v računalniku. Čeprav sta tako protivohunska kot protivirusna programska oprema ustvarjena za odstranjevanje zlonamerne programske opreme, imata lahko različna sredstva za iskanje teh vrst programov, vključno z bazo podatkov različnih podpisov, do katerih lahko dostopa vsaka vrsta programa.
Glede na vrsto zadevne programske opreme so lahko razlike med protivohunsko in protivirusno programsko opremo majhne ali pa sploh ne obstajajo. Protivohunski programi so razviti tako, da najdejo vohunsko programsko opremo v računalniku in jo nato odstranijo, tako da ne predstavlja več tveganja za uporabnika računalnika. Vohunska programska oprema se običajno nanaša na programe, ki lahko končajo v računalniku, ki nato spremljajo dejavnosti iz različnih razlogov. To lahko vključuje keyloggerje, ki spremljajo pritiske tipk, ki jih naredi uporabnik, in nato pošljejo zapis teh udarcev nekomu drugemu.
Uporaba protivohunske in protivirusne programske opreme je običajno namenjena iskanju in odstranjevanju tovrstnih groženj. Zlasti protivohunska programska oprema lahko išče vohunske programe v računalniku. To se pogosto naredi z uporabo baze podatkov s podpisi vohunske programske opreme, s katero se med skeniranjem primerjajo programi v računalniku. Ko se najde ujemanje, program ali uporabnik računalnika označi vohunsko programsko opremo za odstranitev.
Protivirusni program običajno išče viruse v računalniku, to so programi, ki so nameščeni v računalnik in povzročajo številne težave. To se lahko giblje od brisanja informacij na pogonu do povzročitve pregrevanja sistema in fizične poškodbe računalniških komponent. Protivirusni programi običajno uporabljajo enake metode, kot jih uporablja protivohunska programska oprema, čeprav lahko omogočijo, da se zahtevni programi postavijo v karanteno in ne le izbrišejo.
Glavna razlika med protivohunsko in protivirusno programsko opremo je vrsta baze podatkov, do katere lahko dostopa vsak program. Protivohunski programi imajo običajno zapis različnih podpisov vohunske programske opreme, ki se uporabljajo za referenco, medtem ko imajo protivirusni programi namesto tega podpise za viruse. Številni obsežni programi uporabnikom ponujajo več orodij za ravnanje z zlonamerno programsko opremo, pogosto s kombinacijo protivohunske in protivirusne programske opreme. Ti programi običajno dostopajo do velike baze podatkov s podpisi za številne vrste zlonamerne programske opreme in nato uporabniku zagotovijo ustrezna orodja za ravnanje z najdenimi grožnjami.