Podgane in miši imajo veliko razlik in podobnosti. Težko je določiti posebna področja razlike in skupnosti, saj obstaja več vrst obeh živali. Običajno obe vrsti primerjamo z oceno razlik med hišnimi mišmi (Mus musculus) in norveškimi ali črnimi podganami (Rattus norvegicus in Rattus rattus). Te lahko imenujemo tudi hišne podgane ali miši ali udomačene različice vsake vrste.
Miši in podgane se ne morejo križati, čeprav so v sorodu. Evolucijski biologi verjamejo, da si obe vrsti delita prednika, podobno kot so verjetno povezani tigri in gepardi. Vsaka vrsta živali se je razvila drugače, pri čemer je izbrala določene značilnosti, za katere se zdi, da so bile najbolj v pomoč pri zagotavljanju preživetja.
Preprosto z vizualnega vidika boste takoj opazili razliko med norveškimi ali črnimi podganami in hišnimi mišmi. Podgane so veliko večje. V zrelosti tehtajo približno 12.35-22.93 g in imajo približno 350-650 palcev (9-11 cm) dolžine telesa. Imajo dolge repe, ki so v povprečju dolgi 22.86 palcev (27.94 cm). Njihovi repi so debeli in težki.
Miš, nasprotno, je lahko ena desetina teže podgane in tehta približno 1-1.76 unče (30-50 gramov). Miši so krajše, približno polovico velikosti podgan. Imajo povprečno dolžino telesa približno 3-4 palcev (7.62-10.16 cm), njihov rep pa je lahko nekoliko bolj enakomerno uravnotežen s telesom, ki meri približno 3-4 palcev. Mišji repi so zelo tanki in včasih komaj zaznavni v primerjavi z veliko širšim in daljšim repom podgane.
Vsaj v primerjavi z podganami in mišmi pri zgoraj omenjenih vrstah so ušesa podgan običajno manjša sorazmerno z glavo in se lahko zdijo večja, z bolj topimi potezami kot njihovi daljni sorodniki. Miši imajo na splošno občutljive lastnosti in imajo bolj koničaste obraze kot podgane. S kromosomskega vidika postanejo razlike še bolj presenetljive.
Čeprav obstaja povezava med podganami in mišmi, se njune ločene vrste razlikujejo na mikroskopski ravni. Podgane imajo večje število parov kromosomov, 22, v primerjavi z mišjimi 20 pari. Če jih hranite skupaj kot hišne ljubljenčke, lahko drug drugemu ustvarita težave. Podgane lahko ubijajo miši in jedo miši, najpogosteje v neudomačenih okoljih, prisotnost podgan v domu pa lahko resno moti miš. Lahko se manj razmnožujejo ali pa so v paniki. Če želite za hišne ljubljenčke tako podgane kot miši, jih hranite v ločenih prostorih.
Če razmišljate o kateri koli živali kot hišnem ljubljenčku, so podgane boljša izbira. Običajno so bolj inteligentni in se bolje povezujejo z ljudmi kot miši. Obstajajo izjeme in nekaj čudovitih mišjih hišnih ljubljenčkov. Na splošno pa se podgane izkažejo za boljše in lažje usposobljene hišne ljubljenčke.
Te razlike med podganami in mišmi se lahko spreminjajo glede na različne primerjane vrste. Oba imata v divjini dokaj kratko življenjsko dobo, približno 70 % jih umre, preden dopolni eno leto. V ujetništvu je lahko življenjska doba podobna. Miši lahko živijo dlje, približno pet let, vendar mnoge poginejo pri dveh do treh letih. Podgane lahko v ujetništvu živijo približno tri do štiri leta. Zaradi kratke življenjske dobe teh živali morda niso idealni hišni ljubljenčki za majhne otroke.