Skeletni sistem je opora za telo. Ščiti organe in zagotavlja sidranje vezi, kit in mišic, ki omogočajo gibanje. Čeprav tako moški kot ženski skeletni sistem vsebujeta enako število kosti, med njima obstajajo razlike. Razlike med skeletnimi sistemi moških in žensk so strukturne in vključujejo področja, kot so medenica, lobanja in okončine. Masa in razvoj kosti sta dve dodatni področji razlike v skeletnih sistemih.
Eno od področij razlike med moškim in ženskim skeletnim sistemom je medenica. Medenična kost in medenični predel samice sta oblikovana drugače kot pri moškem, saj je medenični predel samice narejen tako, da omogoča proces poroda. Medenični predeli žensk so bolj krožni, medenična kost pa manjša in širša. Moške medenične votline, nasprotno, niso tako plitke.
Strukturne razlike med moškim in ženskim skeletnim sistemom so očitne tudi v lobanji. Majhen štrleči del na zadnji strani lobanje, imenovan zunanja okcipitalna izboklina, je bolj očiten na moški lobanji kot na ženski lobanji. Tudi čeljustne kosti ženske lobanje so bolj zaobljene, medtem ko je čeljust pri moških bolj kvadratna. Obrvne kosti ženske lobanje niso tako izrazite kot pri moških. Ti vidiki ustvarjajo razlikovalne lastnosti, ki ustvarjajo vizualne razlike v obraznih strukturah moških in žensk.
Kosti, ki tvorijo okončine okostja, kažejo tudi razlike med skeletnimi sistemi moških in žensk. Ulna, radius in humerus so tri kosti, ki tvorijo roke, medtem ko so fibula, golenica in stegnenica kosti noge. Pri moških so te kosti na splošno daljše in debelejše kot pri ženskah. Kosti prstov, imenovane falange, so tudi običajno večje pri moških kot pri ženskah. Nekateri moški pa imajo krajše kosti kot ženske.
Skupna masa prispeva k razliki med moškim in ženskim skeletnim sistemom. Moški skeleti so pogosto težji in veliko večji. Čeprav je masa okostja lahko splošna referenčna točka, je ni mogoče uporabiti same. Nekateri moški so manjši od povprečja in bodo imeli manjše okostje. Poleg tega je nekaj žensk z večjim od povprečnega okostja. Da bi ugotovili, ali je okostje moški ali ženski, je treba upoštevati druge velike razlike, skupaj z genetiko in etnično pripadnostjo.
Na razlike med moškim in ženskim skeletnim sistemom vpliva tudi razvoj kosti. Hormoni igrajo veliko vlogo pri rasti kosti. Za moške je testosteron hormon, ki vpliva na rast in obliko kosti, medtem ko se ženski hormon, ki vpliva na razvoj kosti, imenuje estrogen. Med puberteto so ravni estrogena veliko višje pri ženskah in ravni testosterona pri moških, zaradi česar se ženske kosti prenehajo razvijati do 18. leta in rast moških se ustavi do 21. leta.