Razlika med morjem in jezerom je v veliki meri odvisna od trajnosti. Morje je bolj trajna značilnost, medtem ko je jezero razmeroma začasno. Ta časovni okvir je relativno in ga je treba preučiti na lestvici milijonov let.
Na geološkem merilu, ki vključuje in meri druge velike, počasne dogodke, kot so ledene dobe in premiki plošč, je jezero začasna značilnost. Nastanek jezera se lahko zgodi na več načinov, od gibanja ledenika do zrušitve vulkana navznoter. Sčasoma se vdolbina na zemeljskem površju napolni z vodo, nastani se življenje in zgradi se celoten ekosistem. Sčasoma bo jezero izsušeno, odrezano od rečnih izvirov ali pa bo presahnilo. Življenjski cikel jezera je dobro opredeljen in je tisto, kar ločuje morje od jezera.
Po drugi strani pa je morje trajnejša vodna masa, ki je na splošno vezana na edino vodno telo, ki je večje: ocean. Obala morja se lahko spremeni, a vodno telo ostane. Ker je morje povezano z oceani, ki so slana voda, je večina morij tudi slana voda. Vendar to ni razlika med morjem in jezerom, saj so jezera pogosteje sladkovodna, vendar so lahko slana, odvisno od izvora in okolice. Geološki dokazi kažejo, da se stanje sladke ali slane vode v jezerih lahko spremeni, tako kot v Črnem morju.
Razlika med morjem in jezerom ni bila vedno tako jasna, zato so bili mnogi napačno poimenovani. Pravzaprav je največje jezero na svetu po lastnem imenu označeno kot morje. Kaspijsko morje, ki leži severno od Irana in vzhodno od Turčije, je vodno telo brez izhoda na morje, ki velja za začasno, ker se ne izliva v ocean, niti ga ne napaja. Tako kot številna jezera je tudi Kaspijsko morje izjemno občutljivo na onesnaženje in dodajanje invazivnih vrst. V nekaterih primerih je bilo razlikovanje med morjem in jezerom dodatno zakrito s prevodom; se vsa imena ali besede ne prevajajo dobro iz enega jezika v drugega, zato so vodna telesa pogosto napačno poimenovana.
Dno dna jezera običajno kaže zgodovino njegovega nastanka in rasti v plasteh sedimenta. Presušene jezerske postelje puščajo za seboj sledi rastlin in živali, ki so jih naselile, onesnaženja, mineralov in ravni organske snovi, ki odražajo občutljivo ravnovesje, ki je obstajalo v času njihovega življenja. Medtem ko se obala morja lahko spremeni, je morsko dno na splošno vedno skrito.