Čeprav nekateri opredeljujejo razliko med molitvijo in meditacijo kot versko interpretacijo, drugi menijo, da je razlika v fizičnem dejanju vsake prakse same. Prava razlika v obeh primerih ni v izrečenih besedah ali v uporabljeni metodi. Namesto tega je razlika med molitvijo in meditacijo opredeljena z osebnimi prepričanji posameznikov, ki izvajajo vsako prakso.
Molitev je prošnja ali želja, naslovljena na božansko bitje. Pogosto prosi za informacije ali zahteva odobritev, čeprav se lahko tudi zahvali za nekaj, kar je bilo prejeto. To dejanje lahko vključuje tako mentalno psiho kot fizično telo, podobno kot meditacija. Molitev se lahko izvaja med bogoslužjem, ko kleči, sedi ali stoji. Glavni cilj med molitvijo je očistiti um vseh zunanjih misli in se osredotočiti tako na molitev samo kot na prošnjo, ki jo daje.
Nasprotno pa se meditacija uporablja za osredotočanje uma v poskus razmišljanja o notranjem jazu in za osredotočanje lastne zavesti osebe. Meditacijo lahko izvajamo, podobno kot molitev, v skupinskem okolju ali posamezno sami. Obstaja veliko oblik fizične meditacije. Nekatere metode meditacije uporabljajo sedenje, stoječe ali hojo. Primarni cilj meditacije ni pridobiti ničesar iz božanskega vira, ampak doseči stanje sproščenosti.
Verjame se, da imata tako molitev kot meditacija koristi za duševno in fizično zdravje. Dokazano je, da meditacija pomaga pri lajšanju stresa, zmanjšanju bolečin in nadzoru dihanja. Povezana je bila tudi s spremembami v presnovi, krvnem tlaku in možganski aktivnosti. Molitvi so prav tako pripisali zasluge za pomoč praktikantom pri lajšanju stresa, depresije in ohranjanju splošnega dobrega zdravja.
Nekatere religije uporabljajo tako molitev kot meditacijo skupaj v praksi, znani kot molitvena meditacija. Ta oblika molitve od praktikanta zahteva, da med molitvijo sedi tiho in se sprosti. Vključeni vidik meditacije pomaga pri osredotočanju uma pred začetkom molitve.
Molitvene kroglice se lahko uporabljajo med molitveno meditacijo. Podobno kot pri katoliškem rožnem vencu so molitvene kroglice serija kroglic, nanizanih z nitjo. Da bi uporabil molitvene kroglice, praktikant drži vrvico iz kroglic med svojimi rokami, medtem ko moli oblikovane besede. Te besede, izrečene v ponavljajočem se procesu, pomagajo pri osredotočanju uma in sprostitvi telesa.