Metronidazol in klindamicin sta antibiotika, vendar se razlikujeta v načinu delovanja, stranskih učinkih in vrstah okužb, ki jih običajno zdravita. Čeprav sta oba antibiotika, je metronidazol učinkovit pri okužbah, ki jih povzročajo anaerobne bakterije in različni parazitski protozoji. Klindamicin je učinkovit tako za aerobne kot anaerobne bakterijske okužbe ter za protozoje, ki povzročajo malarijo. Metronidazol moti nekatere celične funkcije in povzroči smrt bakterij ali parazitov. Klindamicin ne uniči bakterij, temveč prepreči njihovo razmnoževanje.
Obe zdravili sta na voljo v peroralni in lokalni obliki. Metronidazol je na voljo v obliki tablet, kapsul, kreme, losjona, gela in injekcijskih oblik. Poleg teh oblik je klindamicin na voljo tudi v peroralni suspenziji, lokalni peni in v raztopini za zdravljenje aken. Za zdravljenje aken se uporabljajo tudi kombinacije klindamicina in drugih zdravil.
Klindamicin je predpisan za hude bakterijske okužbe. Ta antibiotik zdravi okužbe kože, krvi, notranjih organov in druge okužbe. Klindamicin se uporablja tudi za zobne okužbe ali za preprečevanje okužb srca pri nekaterih bolnikih, ki so na zobozdravstvenih posegih. Metronidazol se bori proti anaerobnim bakterijskim okužbam v pljučih, črevesju, sklepih in prebavnih organih. Poleg tega se uporablja za zdravljenje bolezni, ki jih povzročajo protozoji, kot sta ameba in Giardia.
Neželeni učinki metronidazola in klindamicina imajo nekaj podobnosti, a tudi več pomembnih razlik. Vsi antibiotiki lahko povzročijo motnje v koristni bakterijski flori črevesja. To lahko povzroči drisko in črevesne krče. Klindamicin pa je bil povezan s hudim črevesnim stanjem, ki ga povzročajo bakterije, odporne na zdravila. Prekomerna rast odpornih bakterij med zdravljenjem in po njem lahko v redkih primerih povzroči potencialno smrtonosno stanje.
Tako metronidazol kot klindamicin pogosto povzročata blago drisko, slabost in bruhanje. Neželeni učinki metronidazola se poslabšajo z uživanjem alkohola in lahko povzročijo hudo mačka. Drugi pogosti neželeni učinki metronidazola so kovinski okus v ustih, glavobol in izguba apetita. Ljudje ne smejo ležati takoj po zaužitju klindamicina, ker lahko pride do slabosti, zgage ali driske. Priporočljivo je, da bolniki obvestijo svojega izvajalca zdravstvenih storitev o kakršnih koli nenavadnih ali hudih simptomih med jemanjem obeh zdravil.
Vsaj ena študija je pokazala, da sta metronidazol in klindamicin pokazala razlike v odpornosti bakterij med zdravljenjem bakterijske vaginoze pri ženskah. Obe študijski skupini sta uporabljali vaginalni pripravek metronidazola ali klindamicina. Raziskovalci so ugotovili, da je bila pri ženskah, zdravljenih zaradi bakterijske vaginoze, bistveno večja odpornost bakterij na klindamicin, zlasti po zdravljenju. Odpornost bakterij na metronidazol je bila zelo nizka. Ugotovili so povečanje koncentracij Escherichia coli v skupini, zdravljeni s klindamicinom, vendar povečanje koristnih laktobacilov pri ženskah, zdravljenih z metronidazolom po koncu zdravljenja.