Čeprav obstajajo prekrivanja, mafija in mafija nista enaki. V najširšem pomenu izrazov lahko mafijo varno opišemo kot mafijo, vendar mafija ni vedno povezana s pravo mafijo. Prvotna kriminalna organizacija, znana kot mafija ali Cosa Nostra, se je začela na Siciliji v Italiji, članstvo pa je strogo omejeno na domače Sicilijane. Mafija nima takšnih omejitev, zato bi lahko za mafijce veljali opazne nesicilijanske gangsterje, kot sta Al Capone in Meyer Lansky, ne pa tudi za člane uradne italijanske mafije.
Poleg sicilijanske dediščine je druga razlika v organizaciji. Prvotna mafija je ustvarila zelo specifično nasledstveno verigo, za katero nekateri strokovnjaki za organizirani kriminal menijo, da jo je navdihnil sistem upravljanja Rimskokatoliške cerkve. Uvrščeni člani bi se morali prebiti skozi vrste, da bi si prislužili več spoštovanja svojih nadrejenih in pridobili več moči v organizaciji. Po drugi strani mafija morda nima zelo dobro vzpostavljene hierarhije. Vodstvo se lahko v trenutku spremeni s čisto silo ali atentatom.
To ne pomeni, da so razlike med mafijo in mafijo vedno očitne tujcem. Obe organizaciji svoj dohodek pridobivata z nezakonitimi prihodki od posojilodajalcev, prostitucije, iger na srečo, denarja za zaščito in drugih neprijetnih poslov, vendar je mafija na splošno bolj nejasna in nejasna kot prava mafija. Mafijski šefi in njihovi podrejeni pogosto postanejo znani subjekti lokalnim in zveznim organom pregona. Pregonu se večinoma izogibajo tako, da nezakonite dejavnosti prenesejo na neznane sodelavce in z ohranjanjem dosledno zakonitega načina življenja v javnosti.
Vodje organizirane mafije pa pogosto ostajajo podtalni in skrivnostni. Njihova naročila se pogosto prenašajo prek zaupanja vrednih posrednikov in kurirjev. Medtem ko lahko mafijski capo de capo ali najvišji mož v organizaciji uživa svojo javno slavo, je veliko manj verjetno, da bo vodja mafije postal tako viden ali razvpit.
Druga razlika je lahko nacionalni ali kulturni izvor. Prvotna sicilijanska mafija je vzdrževala strogo politiko proti sprejemu ne-Sicilijanov v svoje vrste, vendar to drugim Italijanom ni preprečilo, da bi organizirali italijansko mafijo. Ta ista filozofija je veljala za domače ruske, japonske in irske kriminalce, ki so vsi v svojih državah oblikovali močne sindikate organiziranega kriminala. Nekateri lahko za opis teh skupin uporabljajo izraze, kot sta irska mafija ali ruska mafija, drugi pa trdijo, da bi bilo treba »mafijo« uporabiti samo za prvotno italijansko organizacijo.
Razlika med mafijo in mafijo ni le stvar semantike, temveč se lahko ta izraza v pogovoru pogosto uporabljata zamenljivo. V krogih organiziranega kriminala pa lahko obstaja oprijemljiva razlika med pridružitvijo etnični mafiji in pridružitvijo mafiji. Združenje z mafijo je lahko neuraden dogovor, vendar je članstvo v uradni mafiji običajno doživljenjska obveznost. Prebeg je močno odsvetovan, čeprav je znano, da se zvestoba med mafijami spreminja.