Čeprav sta tako loratadin kot cetirizin vrsti antihistaminikov, sta vsaka drugačna kemična spojina, ki na različne načine zdravi simptome alergij. Obe zdravili se dajeta za iste vrste alergij, obe pa sta učinkoviti proti kihanju, srbenju v nosu in solzenju oči ter neučinkovita proti simptomim, kot so koprivnica in sistemske alergijske reakcije. Kljub podobnosti v učinkih teh zdravil je njihova kemična sestava različna in posledično imajo različne učinke na bolnike, ki jih jemljejo.
Molekularno so te snovi strukturirane na različne načine. Loratadin je sestavljen iz 22 atomov ogljika, 23 atomov vodika, dveh atomov dušika, dveh atomov kisika in atoma klora. Ti atomi so razporejeni v molekulo, ki ima več različnih vej. Cetirizin je sestavljen iz 21 atomov ogljika, 25 atomov vodika, treh atomov kisika, dveh atomov dušika in enega atoma klora, ki so razporejeni v dolgo verigo in povezani z dvema molekulama hidroklorida. Čeprav so gradniki podobni, jim razporeditev teh molekul omogoča, da se borijo proti simptomom alergije na različne načine.
Ena glavnih razlik med loratadinom in cetirizinom so vrste neželenih učinkov, ki jih bolniki lahko doživijo, ko jih jemljejo. Medtem ko se pri uporabi obeh zdravil opazita suha usta in nelagodje v prebavilih, je znano, da loratadin povzroča tudi glavobole, rane v ustih, živčnost in nemir. Po drugi strani pa lahko cetirizin povzroči zaspanost, ki je pri nekaterih bolnikih lahko huda. Možno je tudi, da imajo bolniki, ki jemljejo cetirizin, težave z dihanjem, neželeni učinek, ki ga običajno ne opazimo pri bolnikih, ki jemljejo loratadin, razen če bolnik preide v anafilaksijo.
Druga razlika med loratadinom in cetirizinom je način dajanja posameznega zdravila. Odrasli običajno dobijo odmerek 10 miligramov enega od teh zdravil enkrat na dan, medtem ko otroci, starejši od dveh let, pogosto dobijo polovico te količine. Za otroke, mlajše od dveh let, ni uveljavljenega odmerka loratadina, medtem ko lahko otroci, stari od šestih mesecev do dveh let, varno jemljejo 2.5 miligrama cetirizina.
Različni so tudi dolgoročni učinki visokih odmerkov loratadina in cetirizina. V laboratorijskih preiskavah cetirizin ni povečal tveganja za nastanek raka ali zmanjšal plodnost, tudi če so ga dajali v odmerkih, ki so precej višji od priporočenega največjega odmerka. Izjemno visoki odmerki loratadina pa so privedli do povečanega tveganja za raka, pa tudi do zmanjšanja moške plodnosti.