Čeprav sta Linux® in Windows® oba operacijska sistema, zasnovana za uporabo na osebnem računalniku, je med obema veliko razlik. Glavna razlika med Linux® in Windows® je razpoložljivost kode. Linux® deluje pod javno licenco GNU, kar pomeni, da je njegova izvorna koda dostopna vsem, ki bi jo želeli pregledati ali spremeniti. Oseba bi morala biti nekako povezana z Microsoftom, podjetjem, ki proizvaja Windows®, da bi videla kodo za ta operacijski sistem.
Druga ključna razlika med Linuxom® in Windows® je število razpoložljivih različic. Microsoft je edino podjetje, ki proizvaja operacijski sistem Windows®, medtem ko več proizvajalcev izdeluje različice Linuxa. Oseba, ki se odloči namestiti Linux® na svoj računalnik, lahko izbira med Red Hatom, Ubuntujem, Debianom in številnimi drugimi podjetji.
Razpoložljivost posodobitev se razlikuje tudi med Linux® in Windows®. Nova različica sistema Windows® se ponavadi pojavi vsakih nekaj let, saj je Windows 98® nadomestil Windows 95®, Windows Vista® pa je leta 2006 zamenjal XP®, ki je izšel leta 2001. Nove različice Linuxa®, znane kot distribucije, se pogosto izhajati polletno. Namesto nakupa popolnoma novega operacijskega sistema se lahko uporabnik Linux® običajno odloči za prenos in namestitev nove distribucije iz svojega upravitelja posodobitev. Namestitev Linux® in njegovih novih distribucij je običajno brezplačna.
Namestitev nove distribucije iz upravitelja posodobitev ohrani datoteke in nastavitve osebe. Oseba, ki uporablja Windows® in jo je treba nadgraditi, lahko tudi običajno ohrani svoje datoteke in podatke z nadgradnjo iz ene različice v drugo. Preprosta nadgradnja pa ni vedno mogoča. V nekaterih primerih bo morda moral uporabnik popolnoma odstraniti starejšo različico sistema Windows® in nato namestiti novo, kar povzroči izgubo podatkov.
Obravnavanje varnostnih groženj se v Linux® in Windows® razlikuje. Ker je Linux® odprtokoden in lahko vsakdo dostopa do kode, da jo popravi, so varnostne težave odpravljene in nova koda je objavljena veliko bolj redno kot za Windows®. Windows® običajno mesečno izdaja popravila napak in varnostne popravke, odpravljanje težav pa običajno traja dlje. Počasnejše odpravljanje kršitev varnosti daje hekerjem in drugim z zlonamernim namenom večje okno, v katerem lahko napadejo računalnike nič hudega slutečega.
Linux® in Windows® se razlikujeta tudi po načinu, na katerega uporabniku predstavita podatke. Medtem ko oba operacijska sistema uporabniku omogočata izbiro med vmesnikom ukazne vrstice in tako imenovanim grafičnim uporabniškim vmesnikom (GUI), vmesnik ukazne vrstice vsebuje samo besedilo in je uporabnikom Windows® morda znan kot MS-DOS. GUI je namizje s svojimi ikonami in slikami, ki jih poznajo številni uporabniki računalnikov. Linux® ima za svoje uporabnike več možnosti za GUI in ukazno vrstico.