Razlike med klonazepamom in alprazolamom so dokaj majhne, ker sta obe zdravili v družini benzodiazepinov in imata podobno delovanje. Obe zdravili se uporabljata za anksiozne motnje, vendar je klonazepam pogosto predpisan tudi za epileptične napade. Tudi odmerki teh zdravil so v nekaterih primerih različni. Na primer, če bolnik jemlje alprazolam za panične motnje, bi potreboval 0.5 miligrama (mg) trikrat na dan, če pa isti bolnik jemlje klonazepam, bi mu dali le 0.25 mg dvakrat na dan.
Klonazepam in alprazolam je mogoče najlažje razlikovati glede na stanja, ki se jih običajno uporabljata za zdravljenje. Medtem ko sta obe zdravili primerni za uporabo pri bolnikih z anksioznimi motnjami, se klonazepam lahko uporablja tudi za zdravljenje bolnikov z epileptičnimi napadi. Zdravilo se lahko uporablja za zdravljenje petit mal epileptičnih napadov, akinetičnih napadov in mioklonusa. Nasprotno pa se alprazolam uporablja samo za zdravljenje anksioznih motenj in napadov panike. To razliko v učinkih klonazepama in alprazolama je mogoče razložiti z razliko v njuni kemični strukturi in vsebnosti.
Odmerki teh zdravil se lahko razlikujejo, tudi če se uporabljajo za zdravljenje istih stanj. Napadi panike so pogoj, za katerega se lahko uporabljata obe zdravili, in to stanje kaže na razliko v odmerkih zdravila. Bolnik, ki jemlje alprazolam za napade panike, potrebuje odmerke 0.5 mg trikrat na dan. Odmerki klonazepama so na splošno nižji in jih je treba dajati manj pogosto. Medtem ko se lahko oboje po potrebi poveča, je začetni odmerek klonazepama le 0.25 mg dvakrat na dan, kar v celoti pomeni razliko 1 mg na dan.
Podobnosti med klonazepamom in alprazolamom so bolj očitne kot njune razlike, ker zdravila spadata v isti splošni razred. Benzodiazepinska zdravila poudarjajo učinke gama-aminomaslene kisline (GABA), ki je nevrotransmiter, ki ga najdemo v možganih. Nevrotransmiterje lahko v bistvu predstavljamo kot kemične prenašalce in zdravniki verjamejo, da so neposredno povezani z anksioznostjo in motnjami razpoloženja. GABA je nevrotransmiter, ki upočasnjuje aktivnost možganov. Pri bolnikih s paničnimi ali anksioznimi motnjami je lahko pretirana možganska aktivnost katalizator napadov.
Ta učinek klonazepama in alprazolama na zmanjšanje celotne možganske aktivnosti lahko povzroči več stranskih učinkov. Na primer, obe zdravljenji lahko povzročita splošno sedacijo, tudi pri majhnih odmerkih, alprazolam pri višjih odmerkih pa lahko povzroči tudi težave z govorom in spominom ter splošno utrujenost. Obe zdravili lahko povzročita tudi odtegnitvene simptome, če jih jemljete dlje časa in nato prekinete.