Razlika med homofonskimi in homografskimi besedami je v tem, da sta homofoni dve ali več besed, ki zvenijo enako, homografi pa dve ali več besed, ki se pišejo enako. Obe oznaki sta uporabni pri opozarjanju na naključja v različnih jezikih, ki lahko povzročijo zmedo pri učencih jezikov. Na primer, pri homofonih imajo lahko učenci jezikov ali celo govorci maternega jezika težave pri izbiri pravilnega črkovanja za vsako od besed.
Poleg težav s črkovanjem pri homofonih obstaja potencialna težava s pomanjkanjem konteksta. Ko je beseda izgovorjena brez zadostnega sklicevanja, bo poslušalcem morda nemogoče ugotoviti, na kateri pomen govori govornik. Na primer, če govornik reče »Bilo je prebrano« ali »Bilo je rdeče«, poslušalci morda ne bodo mogli ugotoviti, ali ta oseba pravi, da je bilo nekaj prebrano, pri čemer uporabi pretekli preprosti čas za glagol »brati« ali govornik opisuje nekaj rdeče barve. Tukaj jo definira kontekst besede, saj izgovorjava vključuje več pomenov.
Pri homografih se lahko pojavi drugačna, a sorodna težava. V zgornjem primeru lahko nekdo vidi besedo »brati« na strani in ni prepričan, ali se nanaša na preprost glagol v sedanjiku »brati«, na primer »veliko berem« ali pretekli preprosti glagol »brati ,” kot v “To sem prebral včeraj.” Tu ju to, da se ta dva homografa različno izgovarjata, loči v govoru, ne pa v besedilu, pri homofonih pa je ravno obratno.
Ena razširitev težav s homofoni se nanaša na koncept povprečne osebe o več zaimkovnih oblikah, ki sestavljajo homofonske sklope. Eno najpogostejših področij napak pri črkovanju angleških govorcev se nanaša na dva od teh nizov. Prvi je niz homofonov »tvoj«, ki je posesivna oblika, in »ti si«, kar je skrčenje za »ti si«. Osupljivo število domačih angleških govorcev pri pisanju pogosto zmeša črkovanje teh besed. Drug pogosto napačno črkovani niz so besede »njihov«, posesivna oblika, »oni so«, skrčenje za »so« in »tam«, usmerjevalna beseda.
Zgornja vprašanja so prevladujoča v prizadevanjih, da bi bodisi materne govorce bodisi učence tujega jezika poučili o ideosinkracijah angleškega jezika z uporabo homofonskih in homografskih primerov. Druge podobne težave veljajo za druge jezike, kjer lahko enaka izgovorjava ali pisne oblike besed homofona in homografa povzročijo zmedo. Razlaga teh primerov homofona in homografa je pogosto del večine uvodnih jezikovnih tečajev.