Fagot in oboa sta pihala z dvojnim trstikom, vendar imata več pomembnih razlik, ki ju razlikujejo drug od drugega. Nekaj razlik, ki so takoj očitne ob pogledu na dva instrumenta, vključujejo njihovo velikost, obliko in postavitev ustnika. Fagot in oboa imata tudi različne zvoke, pri čemer fagot igra v precej nižjem registru kot oboa. Čeprav so študentske različice obeh inštrumentov pogosto izdelane iz trpežne plastične smole, so bolj kakovostni modeli za izkušene glasbenike izdelani iz različnih vrst lesa. Tudi sistemi tipk se med obema instrumentoma zelo razlikujejo, skupaj z načinom držanja.
Ko jih pregledamo drug ob drugem, je takoj vidnih več razlik med fagotom in oboo. Splošni videz vsakega instrumenta je značilen. Fagot je veliko večji od oboe in je sestavljen iz približno 7 do 8 čevljev (približno 2.13 do 2.44 metra) cevi, ki je upognjena v neenakomerni obliki črke U. Krajša, ožja stran je tam, kjer je kljukasti ustnik pritrjen približno na polovici dolžine instrumenta; drugi konec je veliko širši in sega preko ustnika. Oboa je sestavljena iz ene same ravne cevi, ki se na dnu raztegne v obliki rahlega zvona, na vrhu pa ima pritrjen ustnik in trst.
Tako fagot kot oboa proizvajata zvok, ko glasbenik piha zrak v dvojno trsje, kar povzroča vibracije, ki odmevajo v cevi. Vsak instrument ima določen zvok in obseg. Fagot lahko igra v zelo nizkem registru, z najnižjim zvokom iz družine pihal, razen večjega kontrafagota. Oboa lahko igra višje tone, njen zvok pa primerjajo z račjim zvokom, z zelo jasnim tonom, ki ga je mogoče zlahka razlikovati med drugimi inštrumenti v orkestru. Oba inštrumenta sta znana po svoji ekspresivnosti.
Študentske različice obeh inštrumentov so običajno izdelane iz plastične smole, ker je trpežna. Za kakovostnejši inštrument se običajno odločijo izkušenejši glasbeniki. Fagot in oboa sta običajno izdelana iz različnih vrst lesa. Fagot je pogosto izdelan iz javorja, čeprav je lahko izdelan iz drugih vrst lesa s srednjo stopnjo trdote. Oboa je najpogosteje narejena iz lesa, znanega kot afriški črni les ali grenadila.
Vsak instrument ima drugačen sistem tipk. Tipke se skupaj s prsti uporabljajo za prekrivanje lukenj v cevi instrumenta za ustvarjanje posebnih not. Fagot ima manj tipk, oboa pa sorazmerno veliko s približno 45 kompleksnimi deli tipk.
Tudi fagot in oboa se držita drugače. Zaradi svoje velikosti se fagot drži ob strani glasbenika, pogosto z dodatno podporo, kot je stol ali pas za vrat. Glasbenik običajno lahko drži oboo pred svojim telesom, saj je veliko manjša.