Zunanje in endokrine žleze, čeprav so si na nek način podobne, služijo različnim namenom v telesu. Eksokrine žleze izločajo sluz ali beljakovine navzven, medtem ko endokrine žleze izločajo hormone v kri. Različne snovi, ki jih proizvajajo eksokrine žleze, se pogosto uporabljajo za mazanje različnih sistemov, osvobajanje telesa škodljivih mikroorganizmov ali uravnavanje telesne temperature. Po drugi strani pa se izločki endokrinega sistema običajno uporabljajo v kompleksnem komunikacijskem sistemu telesa in lahko povzročijo različne spremembe v telesni kemiji. Čeprav se eksokrine in endokrine žleze uporabljajo v različnih telesnih procesih, so samo endokrine žleze sposobne komunicirati z oddaljenimi sistemi v telesu.
Ena glavnih razlik med eksokrinimi in endokrinimi žlezami je njihova lokacija v telesu. Večinoma se eksokrine žleze nahajajo blizu površine kože ali v telesnih votlinah, ki vodijo na zunanjo stran telesa, kot so oči, nos, usta ali spolni organi. Prebavni sistem je tudi dom eksokrinih žlez, ki jih najdemo po celotni dolžini. Po drugi strani pa se endokrine žleze pogosto nahajajo globoko v telesu. Nadledvična žleza, ki se nahaja na vrhu ledvic, in hipofiza, ki jo najdemo v možganih, sta dve bolj znani žlezi endokrinega sistema.
Druga razlika med eksokrinimi in endokrinimi žlezami je njihov namen. Mnoge eksokrine žleze proizvajajo sluz, sluzasto snov iz glikoproteinov in vode, ki se uporablja za mazanje organov, kot so oči in požiralnik, ter za lovljenje škodljivih snovi, ki poskušajo priti v telo skozi sluznice. Nekatere od teh žlez izločajo beljakovine, ki lahko pomagajo pri prebavi. Eksokrine žleze blizu površine kože sproščajo znoj, snov, ki se uporablja za hlajenje telesa, če notranja temperatura postane previsoka.
Endokrine žleze izločajo hormone, ki nadzorujejo številne procese v telesu. Hipofiza je odgovorna za rast in spolno zrelost ter številne druge procese. Ko se človek postavi v nevarno situacijo, izločki nadledvične žleze naročijo srcu, naj hitreje bije in krvni tlak se dvigne, da se pripravi na boj ali beg pred nevarnostjo. Te in druge žleze v endokrinem sistemu sproščajo hormone v človekov krvni obtok in pošiljajo sporočila, ki jih je mogoče sprejeti po vsem telesu.