Izraza »semenišče« in »biblijska šola« se pogosto uporabljata zamenljivo, a čeprav sta izraza povezana, običajno nista sinonima. Svetopisemska šola in semenišče sta visokošolski instituciji in oba se osredotočata na nekatere vidike preučevanja svetih spisov; oba lahko podelita tudi diplome iz teologije ali elementov verskega učenja. To je glavni namen institucij, kjer je razlika. Večino časa so biblijske šole dodiplomske ustanove, ki svoje učenje osredotočajo na sveto pismo in ponujajo diplome o verskih temah, običajno pa ponujajo tudi redne diplome iz umetnosti in znanosti. Po drugi strani so seminarji na splošno podiplomske ustanove, ki so v celoti namenjene pripravi študentov, da postanejo verski voditelji.
Študenti se na splošno odločijo za obisk biblijske fakultete in semenišča iz različnih razlogov. Svetopisemske šole se običajno zaračunavajo kot običajne šole, le s svetopisemskim naklonom. Študenti iz krščanskega ozadja, ki želijo skupnost univerzitetnega kampusa, ki bo negovala njihova prepričanja, se pogosto odločijo za obisk biblijskih šol. Semenišče je namenjeno študentom, ki želijo nadaljevati kariero v ministrstvu.
Večina svetopisemskih šol zahteva določeno število kreditnih ur pri študiju Svetega pisma ali drugih verskih poukah, vendar pogosto ponujajo študijske programe, primerljive s posvetnimi šolami. Študentje, ki bodo končali biblijske fakultete, bodo imeli trdne temelje v svetopisemski teologiji, vendar lahko sledijo različnim poklicnim potom. Svetopisemske šole običajno ne usposabljajo študentov za noben poseben poklic, temveč si prizadevajo zagotoviti široko – a biblijsko osredotočeno – visokošolsko izobraževanje. Diploma biblijske fakultete je lahko v poljubnem številu disciplin. Svetopisemska šola in semenišče se predvsem v tem pogledu razlikujeta.
Glavni cilj semenišča je izobraziti bodoče cerkvene voditelje. Večina seminarjev je ustanov na podiplomski ravni, kar pomeni, da ponujajo samo magisterije in doktorate. Pred obiskom semenišča je običajno potrebna dodiplomska diploma. Nekatera semenišča zahtevajo, da imajo kandidati predhodno diplomo iz religije ali teologije, kot bi jo pridobili na biblijski fakulteti, vendar ne vsi.
Dijaki semenišča obiskujejo tečaje v svojem semenišču, ki so prilagojeni, da jih pripravijo na določeno delo v cerkvi. Diakoni, duhovniki in župniki morajo običajno imeti diplomo iz semenišča, preden so lahko imenovani za vodenje v cerkvah. Številni laiki imajo tudi diplomo iz semenišča.
Druga razlika med biblijsko šolo in semeniščem je pogosto denominacija. Obstajajo različne vrste biblijskih šol. Medtem ko so nekatere tesno povezane z določeno cerkvijo, so mnoge druge meddenominacijske in se osredotočajo na skupno svetopisemsko zgodovino, razen na specifično cerkveno tradicijo. Semenišča so skoraj vedno enodenominacijska. Izbira biblijske šole ali semenišča je večkrat odvisna od cerkvene pripadnosti študenta.
Vsaka krščanska denominacija ima različne zahteve svojih voditeljev. V nekaterih cerkvah, kot je Rimskokatoliška cerkev, je duhovništvo rezervirano za moške. V skladu s tem so katoliška semenišča odprta samo za moške, pouk, tečaji in diplome, ki jih ponujajo, pa so posebej katoliške narave. Semenišča sledijo naukom svoje ustanovitvene denominacije in običajno pripravljajo študente za službo v določeni cerkvi.
Včasih bo šola ponudila tako biblijsko šolo kot semenišče. Obe si bosta pogosto delili fakulteto, vendar so študenti na splošno omejeni na en program. Diploma biblijske fakultete lahko vodi do sprejema v semenišče, gostovanje istih šol v enem kampusu pa olajša prehod. Vendar pa običajno ni neposredne povezave med obiskovanjem biblijske fakultete in semenišča.