Glavna razlika med ateistom in agnostikom je v tem, da ateist ne verjame, da Bog ali bogovi obstajajo, medtem ko agnostik tako ali tako ni prepričan, ker obstoja Boga ali bogov, pravijo, ni mogoče dokazati. Ateist je lahko šibek ateist ali močan ateist. Šibek ateist lahko reče: »Nisem prepričan, ali bogovi obstajajo, zato ne častim nobenega. « Močni ateist komentira: »Ni Boga ali bogov.«
Nekateri uporabljajo izraze ateist ali agnostik izmenično. Koliko je res razlike med šibkim ateistom in agnostikom? Pravzaprav je nekaj razlike. Ateist, pa naj bo šibek ali močan, ne išče duhovnega smisla z iskanjem dokazov o boga. Po drugi strani lahko agnostik išče dokaze ali pa je odprt za dokaze ali vero, ki jo ljudje uporabljajo za opredelitev boga. Agnostik ne izključuje nujno, da bi vera lahko prišla do njega ali nje v neki prihodnosti.
Ateist po drugi strani popolnoma ovrže koncept spreobrnjenja v vero v boga. Tudi če je ateist šibek, se ne odloči, da bi kdaj častil kakršnega koli boga. To ne pomeni, da bodo vsi ateisti ostali ateisti za vse življenje, vendar mnogi ostanejo.
Eden od glavnih argumentov za ateizem je, da Bog nikakor ne more obstajati. Kako bi lahko vsemogočno bitje dovolilo zlo, ki se dogaja na zemlji, kot je genocid? Zakaj bi vsemogočno bitje ignoriralo številne klice na pomoč, ki jih sliši od vernikov?
Večina ljudi, ki verjamejo v Boga, trdi, da molitev ne pomeni, da je zagotovljen odgovor na svoje molitve. Poleg tega so božje poti skrivnostne in nad človeškim razumevanjem, zato ne moremo popolnoma razumeti, zakaj bi Bog sprejel politiko laissez-faire v svetu.
Agnostik lahko postavlja enaka vprašanja kot ateist, vendar lahko občasno oceni skrivnostne načine, na katere se bog ali bogovi lahko premikajo. Agnostik ima lahko tudi poskusno prepričanje v inteligentno prisotnost, vendar verjame, da se religije ujamejo v doktrino in jim takšne prisotnosti ni uspelo jasno opredeliti. Izjava agnostika je lahko spet: “Včasih mislim, da je morda nekaj tam zunaj, vendar nisem prepričan, kaj je.”
Tako se glavne razlike med ateistom in agnostikom nanašajo na odprtost do vprašanja, ali Bog obstaja. Agnostik išče dokaz ali preoblikovalno izkušnjo vere. Ateist pa se noče pokloniti nobenemu bogu, ker verjame, da bog ne obstaja.