Pogosto verjamejo, da so antiseptiki in antibiotiki enaki zaradi svojih skupnih lastnosti, vendar obstaja nekaj ključnih razlik, ki jih razlikujejo. Običajno antiseptiki oslabijo in upočasnijo rast bakterij in drugih mikroorganizmov, kar posledično pomaga preprečiti, da bi bakterije povzročile nadaljnjo okužbo. Antibiotiki pa dejansko ubijajo bakterije, pa tudi nekatere vrste gliv in parazitov. Za razliko od večine antiseptikov lahko bakterije po daljši uporabi postanejo odporne na antibiotike. Nekateri antiseptiki lahko ovirajo proces celjenja in poslabšajo stanje rane.
Ena od glavnih razlik med antiseptiki in antibiotiki je, kako delujejo proti bakterijam in drugim mikroorganizmom. Antiseptiki samo upočasnijo rast bakterij, namesto da bi jih dejansko uničili. Za razliko od antibiotikov pa so antiseptiki učinkoviti tudi na druge mikroorganizme, zaradi česar so potencialno koristni v boju proti drugim okužbam. Antibiotiki sicer ubijajo bakterije, vendar se domneva, da so neučinkoviti proti številnim drugim vrstam okužb. Verjame se, da se antibiotiki lahko borijo proti nekaterim parazitom in glivicam v telesu, vendar običajno zahtevajo recept, saj veljajo za močnejše.
Pomembna razlika med antiseptiki in antibiotiki je v tem, da je verjetno, da bodo bakterije razvile imunost na določene antibiotike po daljši uporabi ali če antibiotična terapija ni bila zaključena. Ni potrjeno, da imajo bakterije enako reakcijo pri daljši uporabi antiseptika. Da bi preprečili odpornost proti antibiotikom, lahko zdravstveni delavec priporoči popolno dokončanje antibiotične terapije, da se zagotovi uničenje vseh bakterij ali uporabo različnih antibiotikov za določene bolezni.
Nekatere vrste antiseptikov lahko tudi zavirajo celjenje in dražijo kožo ter pogosto zahtevajo posebne metode uporabe. Na primer, vodikov peroksid lahko zahteva, da se območje popolnoma posuši, preden uporabite povoj, medtem ko lahko fenol povzroči dodatno poškodbo kože, če uporabite povoj. Podobnih stranskih učinkov antibiotikov ni znanih. Če obstaja možnost izbire med antiseptiki in antibiotiki za zdravljenje kožnih ran, je na splošno priporočljiva uporaba antibiotične kreme.
Zaradi omejene funkcije antiseptikov se običajno uporabljajo lokalno, da preprečijo vdor bakterij in drugih mikroorganizmov v odprte rane, vendar obstajajo nekateri peroralni antiseptiki. Obstaja nekaj redkih primerov, v katerih so lahko antiseptiki in antibiotiki možnost za zdravljenje iste okužbe, kot so nekatere okužbe sečil. V tem primeru lahko resnost in vrsta okužbe sečil določita natančno zdravljenje. Antibiotike jemljemo predvsem peroralno, običajno v obliki penicilina, da uničimo okužbo v telesu. Malo je antibiotikov, ki jih je mogoče jemati lokalno, in tako kot peroralni antibiotiki običajno zahtevajo recept.