Razlika med oglasno in zlonamerno programsko opremo je v tem, da je oglasna programska oprema zasnovana tako, da izpostavlja ljudi nezaželenemu oglaševanju, običajno v obliki pojavnih oken, zlonamerna programska oprema pa je zasnovana tako, da namerno poškoduje računalnik osebe ali povzroči širjenje virusa po računalniškem omrežju. Oglasna programska oprema običajno ni namenjena škodi osebnemu računalniku ali omrežju, vendar lahko pogostost pojavnih oglasov na splošno upočasni hitrost računalnika. Obe vrsti programske opreme se je običajno mogoče izogniti, če so nameščeni programi za zaščito pred oglasno in zlonamerno programsko opremo. Ljudje, ki nimajo teh programov za zaščito svojih sistemov, bi lahko na koncu porabili veliko denarja za najem strokovnjaka za popravilo poškodb računalnika.
Mnogi ljudje menijo, da je oglasna programska oprema, čeprav običajno ni namenjena škodi računalniku, vdor v zasebnost. To je zato, ker imajo ljudje, ki ustvarjajo oglasno programsko opremo, metode sledenja navadam brskanja po spletu, da bi bolje ciljali določene vrste oglasov na ljudi. Na primer, če oseba pogosto išče hiše za nakup ali najem, lahko začne prejemati veliko nadležnih pojavnih oglasov, ki se nanašajo na nepremičnine. Mnogi ljudje poskušajo izstopiti iz teh oglasov s klikom na ustrezen gumb na oglasu in so namesto tega preusmerjeni na povsem drugo spletno mesto, ki jim običajno poskuša nekaj prodati. Oseba, ki je ustvarila oglasno programsko opremo, potem običajno prejme neko obliko nadomestila za klike na oglas.
Oglaševalska in zlonamerna programska oprema se običajno štejeta za problematična, vendar je zlonamerna programska oprema običajno veliko bolj nevarna za osebni računalnik kot oglasna programska oprema in je pogosto ustvarjena z namenom kraje občutljivih informacij. Ljudje, ki v svoje računalnike dobijo viruse ali črve, ki sta dve obliki zlonamerne programske opreme, so lahko v nevarnosti, da jim ukradejo gesla, podatke o kreditnih karticah in vse druge osebne podatke, ki so jih vnesli v svoje računalnike. Virusi lahko manipulirajo s pomembnimi nastavitvami v računalniku, tako da ta deluje zelo počasi, se nepričakovano znova zažene in povzroči druge podobne težave. Črvi so pogosto ustvarjeni, da okužijo ne samo računalnik enega posameznika, temveč tudi računalnike vseh drugih oseb, s katerimi je ta posameznik povezan prek e-poštnih stikov ali prek računalniškega omrežja.
Obstaja veliko programov, ki so opremljeni z oglasno programsko opremo, in ko oseba namesti programsko opremo, morda namesti tudi oglasno programsko opremo, ne da bi se tega zavedala. Oglasna programska oprema lahko občasno povzroči zlonamerno programsko opremo, če oseba klikne oglas z oglasno programsko opremo, ki jo pripelje na sumljivo spletno mesto. Najboljši način za povprečno osebo, da se zaščiti pred oglasno in zlonamerno programsko opremo, je namestitev programske opreme za zaščito pred obema. Mnogim ljudem ni všeč ideja o uporabi protivirusne programske opreme na svojih računalnikih, ker se morda bojijo, da bo programska oprema, ki se izvaja v ozadju, upočasnila njihove sisteme, vendar bi uporaba programske opreme, zasnovane za zaščito računalnika, lahko na koncu prihranila veliko denarja pri popravilih računalnikov v na dolgi rok.