Probiotiki in encimi delujejo v tandemu v prebavilih. Oboje razgrajuje hrano in tako pripomore k boljši prebavi. Encimi pa gredo še korak dlje. Negujejo probiotike in jim omogočajo, da ostanejo živi in se razmnožujejo. To je zato, ker probiotiki jedo stranske produkte, ki nastanejo, ko encimi kemično prebavijo hrano in jo razgradijo na preprosta hranila, ki jih probiotiki zlahka absorbirajo.
Živila, ki jih encimi ustvarijo za podporo probiotikom, vključujejo maščobne kisline, preproste ogljikove hidrate in aminokisline. Izmenjava hrane med probiotiki in encimi vključuje tudi različne minerale in vitamine, ki jih proizvajajo encimi. Obstaja devet različnih vrst encimov, ki proizvajajo te prehranske stranske produkte. Delujejo na specializiranih področjih gastrointestinalnega trakta, kot so debelo črevo, tanko črevo in trebušna slinavka.
Proteaza, amilaza in lipaza veljajo za tri glavne prebavne encime. Lipaza prebavlja maščobe, znane kot lipidi, in proizvaja maščobne kisline kot stranski produkt te prebave. Naloga amilaze je, da cilja na škrob in ogljikove hidrate ter jih razgradi na preproste sladkorje, ki so dovolj osnovni, da jih lahko probiotiki zlahka zaužijejo. Proteaza, zlasti proteazni encim, znan kot pepsin, prebavi beljakovine, da proizvede aminokisline.
Sekundarni prebavni encimi vključujejo saharozo, maltazo in laktazo. Laktaza prebavi mlečni sladkor, ki je znan tudi kot laktoza. Maltaza kemično reducira sladni sladkor, znan kot maltoza, v glukozo. Saharaza prebavi saharozo in tvori fruktozo ali glukozo. Preostali encimi karbohidrata, pektinaza in hemicelulaza se štejejo za nepomembne za probiotike, čeprav pomagajo človeškemu telesu pri prebavi.
Aminokisline in škrobi, ki nastanejo pri kemični prebavi, niso koristni le za probiotike in encime. Ljudje lahko to prehrano absorbirajo tudi skozi organske obloge. Encimi proteaze služijo predvsem probiotičnim laktobacilom v tankem črevesu, kjer lahko aminokisline prehajajo skozi membrano v krvni obtok. Amilaza je medtem povezana s probiotiki v trebušni slinavki in žlezah slinavk, kjer se lahko preprosti sladkorji, ki jih sprosti amilaza, absorbirajo skozi usta ali membrano trebušne slinavke.
Medtem ko tako probiotiki kot encimi s prebavo pretvarjajo hrano v energijo, to ni glavna prednost probiotikov. Probiotiki ščitijo imunski sistem in povečujejo njegovo učinkovitost z odstranjevanjem toksinov in škodljivih bakterij. Kot sredstvo za razstrupljanje so probiotiki hvaljeni za preprečevanje bolezni, od alergij do raka debelega črevesa. Ti koristni mikroorganizmi lahko pomagajo telesu premagati škodljive bakterije, kot sta salmonela in E.coli. Več hrane kot dobijo iz encimov, več probiotikov se lahko pomnoži in zagotovi zdravje.
Ko se ljudje starajo ali prenašajo bolezen, se lahko količina probiotikov v telesu močno zmanjša. Dodatki s probiotiki in encimi lahko povečajo koristno mikrofloro telesa. Tisti, ki uporabljajo dodatke ali živo hrano za povečanje ravni probiotikov in encimov v telesu, morajo običajno ostati dosledni, saj telo redno izčrpava tako probiotike kot encime in jih je treba napolniti.
Nekateri kritiki dopolnilnih probiotikov in encimov trdijo, da bodo encimi, zlasti proteaza, uničili nekatere probiotike na osnovi beljakovin. Vendar pa veliko raziskav nasprotuje tej trditvi. Da ne bi prišlo do škodljivih interakcij, mnogi nutricionisti predlagajo, da jemljete encime pred obrokom in probiotike po njem.