Že več desetletij je hormonsko nadomestno zdravljenje (HRT) veljalo za zlati standard zdravljenja za ženske v menopavzi za zmanjšanje simptomov, kot so vročinski utripi, izkrivljanje razpoloženja, suhost vagine in drugi. Kombinacija estrogena in progestina se je pogosto uporabljala in je bila varna za ženske. Od leta 2002 je bila varnost tega zdravljenja večkrat pod vprašajem, ker so statistično pomembne študije pokazale, da ima HNZ veliko dejavnikov tveganja. Med njimi sta hormonsko nadomestno zdravljenje in tveganje za nastanek raka dojke pogosto z roko v roki in mnogi zdravniki zdaj gledajo na HNZ kot na zadnjo možnost, namesto na prvo prednost.
Nadaljnje študije so potrdile, da sta hormonsko nadomestno zdravljenje in rak dojke povezana. Zlasti obstajajo dokazi, da lahko HNZ poveča tumorje, vendar jih naredi manj vidne na rezultatih mamografije. To pomeni, da je pri ženskah večja verjetnost, da bodo zbolele za rakom dojke v poznejših fazah bolezni, kjer verjetnost popolne remisije ali ozdravitve ni tako visoka. Menijo, da estrogeni v HNZ neposredno prispevajo k rasti raka pri približno 66 % tumorjev, saj ti raki vsebujejo estrogenske receptorje. Dajanje estrogena hrani tumor in lahko poveča njegovo velikost in moč.
Dodatne raziskave iz leta 2010 kažejo, da se povezava med hormonsko nadomestno terapijo in rakom dojk krepi z dolgotrajno uporabo. Dolgotrajne uporabnice HNZ, za katere je opredeljeno, da HNZ uporabljajo pet let ali več, imajo večjo verjetnost, da zbolijo za rakom dojk in razvijejo bolj agresivne vrste bolezni, ki povečajo umrljivost. To bi pomenilo, da mora biti načrtovano trajanje uporabe zelo kratko, če se HNZ sploh uporablja. V preteklosti je veliko žensk ostal na teh zdravljenjih deset let ali več, kar je močno povečalo tveganje za zgodnjo umrljivost zaradi raka dojke ali drugih vrst raka.
Dokazi, zbrani v številnih študijah, kažejo na jasne korelacije med hormonsko nadomestno terapijo in rakom dojke, vendar je HNZ še vedno na voljo na večini področij. V ZDA se lahko na primer hormonsko zdravljenje uporablja po popolni histerektomiji ali pa se priporoča, če je osteoporoza huda. Zaradi njegove nenehne razpoložljivosti je odprt za neoznačeno, bolj tradicionalno uporabo za simptome menopavze, zdravniki pa ga lahko še vedno predpišejo ali priporočajo bolnikom. Morda je njegova uporaba upravičena, vendar morajo bolniki pred uporabo v celoti razmisliti o njegovem potencialu smrtno nevarnih neželenih učinkov.
Obstaja tudi nekaj vprašanj o varnosti hormonske kontracepcije, ki uporablja iste hormone. Do zdaj je opazno rahlo povečanje tveganja za nastanek raka dojk, ki traja približno 10 let po zadnji uporabi, nato pa se normalizira pri ženskah, ki niso uporabljale hormonske kontracepcije. Še vedno ni znano, ali imata lahko hormonska kontracepcija in nato HNZ kumulativni učinek, ki poveča tveganje za nastanek raka dojke. Verjetno je povečanje normalnih hormonov v letih, ko jih ženske proizvajajo, manj nevarno kot dodajanje po zmanjšanju proizvodnje teh hormonov.