Povezava med estrogenom in folikle stimulirajočim hormonom (FSH) je, da sta estrogen in FSH ključna dela cikla jajčnikov, ki je proces, s katerim ženska ovulira; FSH sproži cikel jajčnikov, kar posledično sproži proizvodnjo estrogena. Druga povezava med estrogenom in FSH je, da sta oba hormona, kar pomeni, da uravnavata kemikalije, ki vodijo fiziološke funkcije v telesu. Estrogen je spolni hormon, medtem ko je FSH gonadotropin. Njuni vlogi sta zelo različni, čeprav sta obe v domeni ženske spolne reprodukcije. Vloga FSH je nadzor nad vsemi razvojnimi fazami jajčnikov od rojstva do menopavze; Vloga estrogena je predvsem nadzor nad ženskim menstrualnim ciklusom.
Tako estrogen kot FSH sta nujna sestavina menstruacije in nosečnosti. FSH sproži proizvodnjo enega jajčeca in se sprosti vsakih 28 dni, zaradi česar mora ženska ustvariti maternično sluznico, ki lahko blaži oplojeno jajčece ali se izloči kot reproduktivni odpadek med menstruacijo. Estrogen povzroči rast in odebelitev te maternične sluznice, ki je znana tudi kot endometrij. Brez estrogena in FSH reprodukcija žensk ne bi bila mogoča.
Vsak mesečni cikel jajčnikov se začne, ko hipofiza sprosti FSH, kar sproži nastanek jajčeca ali jajčeca v enem od ženskih jajčnikov. Med razvojem jajčne celice se najprej oblikuje jajčni folikel; ta folikel, ki bo sčasoma zaščitna vrečka okoli jajčeca, dokler ne dozori in se sprosti v jajcevode za ovulacijo, je tisto, kar izloča ženski hormon estrogen. Natančneje, folikel oddaja obliko estrogena, znano kot estradiol. Medtem ko lahko druga tkiva v telesu proizvajajo nizke ravni estrogena, so jajčni folikli, ki jih uravnava FSH, odgovorni za glavne ravni proizvodnje estrogena v ženskem telesu.
V prvih 14 dneh 28-dnevnega menstrualnega ciklusa so ravni estrogena in FSH najvišje, saj se folikel razvija več dni. 14. dan po dozorevanju jajčeca se sprosti iz folikla in potuje v jajcevod. Levi folikel, imenovan corpus luteum, še naprej izloča majhne količine estrogena do 28. dneva cikla, ko se celoten proces začne znova, potem ko FSH obnovi svojo aktivnost.
Začetek menopavze močno vpliva na estrogen in FSH. Ostareli jajčniki prenehajo biti dovzetni za FSH in ignorirajo signale za proizvodnjo jajčnih foliklov. Posledica tega pa je padec proizvodnje estrogena. Izguba estrogena ima lahko škodljive učinke na ženske, saj estrogen poleg razmnoževanja pomaga pri elastičnosti kože, uravnavanju razpoloženja in zdravju vulve in drugih delov nožnice. Mnogi zdravniki zato predpisujejo steroidne estrogene, da nadomestijo koncentracije hormona, ki jih telo ne proizvaja več naravno.