O povezavi med imunizacijo in avtizmom je bilo napisanega neverjetno veliko. Številne skupine staršev močno menijo, da so nekatere imunizacije lahko odgovorne za primere avtizma. Ta močan občutek in starševski aktivizem sta večkrat pripeljala do zahteve po raziskovanju te povezave, opravljene klinične raziskave pa kažejo, da ni povezave med imunizacijo in avtizmom. Medicinska skupnost nasprotuje ustaljeni vezi, vpletena pa so se celo sodišča, ki so v 2010-ih izdala sodbe, da ni povezave.
Ena najmočnejših študij, ki je namigovala na povezavo med imunizacijo in avtizmom, je bila objavljena v ugledni medicinski reviji The Lancet leta 1998. Ta članek je pozneje ugotovil, da vsebuje podatke, ki so bili izmišljeni in netočni, leta 2010 pa ga je The Lancet umaknil. Njegova prisotnost je povzročila zaskrbljenost, zlasti med starši, in z naraščajočo stopnjo avtizma so mnogi zagovarjali opustitev cepljenja. Zdravniki, ki so menili, da je tveganje za resne bolezni še vedno veliko večje od tveganja za avtizem, te izbire niso podprli.
Nekaj časa so se starševske zagovorniške skupine osredotočale na prisotnost kemikalije v nekaterih cepivih, imenovane timerosal. Glede na članek The Lancet in druge vire naj bi povečal tveganje za avtizem. Tudi ta zadeva je bila raziskana in timerosal je bil odstranjen iz večine cepiv. Trenutno po medicinskih in sodnih standardih ta kemikalija ni odgovorna za primere avtizma, še posebej pa naj ne bi imeli cepiv proti ošpicam, mumpsu in rdečkam (MMR), ki jih skupine za zagovorništvo staršev štejejo za verjetnega vzroka avtizma. odnos do bolezni. Opozorjena izjema je, da se lahko prvi simptomi avtizma pojavijo približno ob istem času, ko se daje MMR, kar velja ne glede na to, ali otroci dejansko prejmejo cepivo ali ne.
Nedavne raziskave o tej bolezni kažejo na manjšo povezavo med imunizacijo in avtizmom ter bolj na povezavo z genetiko. Obsežna študija, v katero je vložila velika organizacija Autism Speaks, je ovrednotila več kot 2000 otrok, da bi ugotovila, ali obstajajo genetski dejavniki, ki ljudi nagibajo k avtizmu, in izkazalo se je, da obstajajo. Preprosto niso enojni, ampak vključujejo majhne napake ali razlike na številnih različnih genih. Jasno je, da en sam gen ni odgovoren za to stanje, vendar imajo ljudje morda številne gene, ki bolj napovedujejo pojav avtizma.
Tudi z vsemi temi dokazi ni mogoče v vseh primerih popolnoma izključiti povezave med imunizacijo in avtizmom. Obstajajo nekateri dejavniki, ki temu nasprotujejo. Raven imunizacije je zdaj padla zaradi strahu, da avtizem povzročajo cepiva, vendar pa se stopnje avtizma še naprej povečujejo. Avtizem se pri dečkih pojavlja veliko pogosteje kot pri deklicah, vendar sta oba spola cepljena enako.
Legitimna znanost ni uspela dokazati povezave med imunizacijo in avtizmom. Večino dokazov, ki kažejo na povezavo, zagotavljajo medicinski laiki in jih ne podpira trda znanost. Tako rekoč vse zakonite zdravstvene organizacije zavračajo povezavo in izražajo globoko zaskrbljenost zaradi možnih nevarnosti izogibanja cepljenju.