Številni dietetiki so poročali o povezavi med Atkinsovo dieto in zaprtjem, zlasti v fazi uvajanja diete. Ta faza traja približno dva tedna, zanjo pa je značilen zelo nizek vnos ogljikovih hidratov. Vsaka sprememba prehranjevalnih navad lahko povzroči težave, kot je zaprtje, a ker se telo navadi na spremembe in je po uvajalni fazi dovoljenih več živil, problem zaprtja ni tako razširjen. Obstajajo strategije, ki jih je treba upoštevati, medtem ko ste na Atkinsovi dieti in zaprtje bi se moralo odpraviti po nekaj dneh ali tednih.
Zaprtje je pogost stranski učinek številnih diet z nizko vsebnostjo ogljikovih hidratov. Ena od kritik Atkinsove diete je, da v fazi uvajanja diete zaužijejo manj kot 7 % minimalnega dnevnega vnosa vlaknin. Osredotočenost na visoke ravni beljakovin lahko tudi poslabša povezavo med Atkinsovo dieto in zaprtjem, saj lahko visok vnos mesa in sira povzroči nepravilnosti v črevesju.
Telo mora imeti vlakna, da se lahko znebi odpadnih snovi. Sadje, zelenjava in polnozrnati izdelki, kot so kruh in žita, so običajni viri vlaknin v povprečno zdravi prehrani. Priporočenih 21 gramov vlaknin na dan je lahko precej težko zaužiti na dieti z nizko vsebnostjo ogljikovih hidratov, kot je Atkinsova dieta, in pogosto je posledica zaprtja. V nekaterih primerih lahko težava postane dovolj resna, da je potrebna zdravniška pomoč.
Da bi se izognili zaprtju med dieto, morate popiti osem kozarcev vode, saj je pomanjkanje vode glavni vzrok zaprtja. Če to nima nobenega učinka, lahko pomaga uživanje dodatnih vlaknin, kot so laneno seme ali pšenični otrobi. Solate in zelenjava, zlasti zelena, listnata zelenjava, kot so špinača, zelje in brokoli, so popolnoma sprejemljive na dieti v neomejenih količinah, zato bo zagotavljanje, da so te del večine obrokov, povečalo vnos vlaknin. Povečanje telesne vadbe bi moralo pomagati tudi pri zdravljenju zaprtja, medtem ko ste na Atkinsovi dieti. Dodatek z vlakninami je priporočljiv zlasti v fazi 1 Atkinsove diete ali indukcijski fazi, da se izravna učinek uživanja več beljakovin z nizko vsebnostjo vlaknin.
Drugi stranski učinki Atkinsove diete vključujejo utrujenost, omotico, glavobole in šibkost, ki so predvsem posledica drastičnega zmanjšanja ogljikovih hidratov v zgodnji fazi diete. Atkinsova dieta se je sčasoma spremenila in nekoliko sprostila svoj pristop, da bi odpravila pomisleke in poročila o stranskih učinkih. Preden začnete s to dieto ali katero koli drugo, je priporočljivo, da se posvetujete z zdravnikom, še posebej, če obstajajo zdravstvene težave.