Razmerje med antibiotiki in imunskim sistemom je zapleteno, kar je pomembno razumeti. V mnogih primerih so antibiotiki potrebni za zdravljenje različnih bakterijskih bolezni in okužb, ki so lahko usodne, če jih ne zdravimo. Nenehna uporaba nepotrebnih antibiotikov ali celo njihova pogosta uporaba za legitimna stanja pa lahko dejansko oslabi imunski sistem. Posledično je povezava med antibiotiki in imunskim sistemom pogosto dvorezen meč; ljudje jih morda potrebujejo za preživetje, vendar obstaja tudi možnost, da sčasoma oslabijo imunski sistem in povzročijo večje težave na dolgi rok.
Imunski sistem ostaja v občutljivem ravnovesju v telesu; en vidik tega je proizvodnja zdravih bakterij, ki pomagajo pri prebavi. Ko se uporabljajo antibiotiki, ubijejo vse bakterije v ciljnem delu telesa, ne le škodljive bakterije. To lahko privede do nečesa, kar se imenuje bakterijsko neravnovesje, in lahko povzroči prekomerno rast kandide, ki se nato imenuje glivična okužba. To lahko prizadene usta, genitalije ali druga področja na telesu. To je le eden od načinov vpliva antibiotikov in imunskega sistema, vendar je eden najpogostejših.
Drug način, na katerega so antibiotiki in imunski sistem povezani, je, ko bakterije začnejo postajati odporne na antibiotike. Če oseba jemlje antibiotike in vse bakterije niso dovolj uničene ali se je ena bakterija sposobna upreti zdravilom, se lahko te bakterije nato razmnožijo in razširijo, kar zahteva bolj agresivno zdravljenje z antibiotiki. Zato je enostavno slediti poti in videti, kako lahko določene bolezni ali okužbe postanejo odporne na antibiotike in se hitro razširijo po populaciji. To je eden največjih strahov ob preveliki uporabi antibiotikov danes; prav tako je razlog, da mora bolnik po predpisu vedno opraviti celoten potek zdravljenja, tudi če simptomi izginejo prej.
Tudi samo na individualni osnovi bo morala oseba, ki ima pogoste okužbe, ki zahtevajo antibiotike, jemati močnejše, daljše tečaje, da bi uničila bolezen, ki lahko postopoma oslabi imunski sistem. Zaskrbljujoča je tudi povezava med antibiotiki in imunskim sistemom, saj se uvajajo v preskrbo s hrano, saj jih pogosto dajejo domačim živalim v tovarni; ljudje nato vsakodnevno uživajo majhne odmerke antibiotikov in se tega morda niti ne zavedajo. Čeprav so antibiotiki zagotovo čudovit napredek v medicinski tehnologiji in so rešili življenja mnogih ljudi, je pomembno razumeti prednosti in slabosti tega zdravljenja in jih uporabljati le, kadar so res potrebni.