Amigdala je struktura v možganih, ki je običajno povezana s čustvenimi stanji. Vendar pa obstaja močna povezava med amigdalo in spominom. Ta del možganov, ki deluje v povezavi z drugimi deli limbičnega sistema, kot je hipokampus, pomaga uravnavati in kodirati čustvene spomine. Prihodnje vedenje pogosto narekuje čustveni spomin. Povezovanje čustev, kot je strah, z določenim dogodkom lahko pomaga pri odzivu na nevarne dražljaje, občutek ugodja z določeno hrano pa lahko pomaga pri prihodnji izbiri prehrane.
Obstajata dve konkurenčni teoriji o tem, kako amigdala pomaga pri oblikovanju čustvenega spomina. Amigdala lahko do neke mere neposredno kodira čustveni spomin, ki deluje s hipokampusom. Poleg tega lahko zagotovi vhod za obdelavo spomina, ki jo izvaja hipokampus. Nekateri raziskovalci so celo predlagali tekočo integracijo teh teorij, kjer lahko regulacija čustev in spomina dejansko poteka z aktivnostjo v obeh teh strukturah. Amigdala je tesno povezana s spominom, tudi če amigdala ne tvori spominov sama.
Pogoji odziva strahu je pomembna povezava med amigdalo in spominom, vendar ta struktura dejansko vpliva na spomin na druge načine. Zdi se, da amigdala uravnava, kako druge možganske regije kodirajo dolgoročne spomine. Ko večje stopnje čustvenega vzburjenja med dogodkom aktivirajo ta del možganov, se zdi, da je dogodek močneje kodiran in ga je lažje priklicati. Ta povezava med amigdalo in spominom bi lahko pojasnila, zakaj se ljudje travmatičnih dogodkov spominjajo hitreje in kot tistih brez čustvene vsebine.
Sposobnost amigdale in spomina, da delujeta skupaj, je lahko bistvenega pomena za preživetje. Pomembno je tudi omeniti, da je premočna povezava in prelahko spominjanje zastrašujočih ali travmatizirajočih dogodkov lahko primanjkljaj. Ena od teorij za posttravmatsko stresno motnjo (PTSD) je, da stresni dražljaji ali dražljaji, podobni začetnemu travmatskemu dogodku, prekomerno aktivirajo amigdalo. Posameznik s PTSD se spomni travmatizirajočega dogodka, skupaj z negativnimi čustvi, ki so ga sprva spremljala. Podobna prekomerna aktivacija bi lahko bila tudi značilnost nekaterih oblik anksioznih motenj.
Tudi pozitivna čustva lahko olajšajo shranjevanje spominov. Čustveno vzburjenje katere koli vrste vodi do sinhronizirane aktivnosti v amigdali, kar je lahko povezano s povečano sposobnostjo oblikovanja nevronskih povezav. Te okrepljene povezave lahko spodbujajo interakcijo, ki omogoča hitrejši priklic spominov. Večje amigdale imajo lahko večjo sposobnost za dosego tega podviga.