Osnovna struktura protitelesa je proteinska molekula v obliki črke Y, ki vsebuje dve težki in dve lahki polipeptidni verigi. Lahko si predstavljate strukturo protiteles Y, razčlenjeno kot V, ki stoji na majhni črki L s črto na obeh zunanjih robovih in vzporedno z V. Mala črka L, znana kot regija Fc protitelesa, vključuje dve težki polipeptidni verigi , ki se vzpenjajo navzgor in tvorijo V ali Fab regijo. Notranje črte V so konci težkih verig, zunanje linije pa lahke polipeptidne verige.
Protitelo ali imunoglobulin je beljakovina, ki jo proizvajajo plazemske celice v telesu. Imunski sistem telesa uporablja protitelesa, da prepozna antigene, ki jih najdemo v sovražnih tujih predmetih, kot so bakterije in virusi, in se jih znebi. Vsako protitelo nastane kot reakcija na specifični antigen, ki ga najdemo na tujih vsiljivcih.
Kar zadeva strukturo protiteles, so zgornji konci obeh nizov verig v Fab regiji znani kot mesto vezave antigena. Ta vezavna mesta so območje največje razlike med katerima koli dvema vrstama protiteles. To je zato, ker bo protitelo uporabilo vezna mesta, da se pritrdi na antigen, za katerega je bilo zasnovano.
Konce lahkih verig lahko pri sesalcih razvrstimo kot kapa ali lambda, medtem ko imajo nižji vretenčarji tudi jota obliko. Sestava težke verige določa podrazred protitelesa. Te težke verige se lahko razlikujejo po velikosti in sestavi. Nekatere so sestavljene iz okoli 450 aminokislin, druge pa okoli 550.
Konica vsake vrste protiteles je sestavljena iz približno 110 do 130 aminokislin. Ti nasveti so razdeljeni na dve regiji. Hipervariabilna (HV) regija vsebuje najširše variacije v aminokislinah, medtem ko je okvirna (FR) regija bolj konstantna in stabilna. Regija HV vzpostavi neposreden stik z antigenom. Zato se včasih imenuje tudi komplementarna določujoča regija (CDR).
Medtem ko se zgornji konec strukture protitelesa veže na antigen, regija Fc, znana tudi kot regija, ki jo je mogoče kristalizirati, določa, kako se protitelo ukvarja z antigenom. To pomeni, da lahko protitelo uravnava in spodbuja ustrezen imunski odziv. Konstantne regije lahko razdelimo v pet razredov izotipov: imunoglobulin M (IgM), imunoglobulin G (IgG), imunoglobulin E (IgE), imunoglobulin D (IgD) in imunoglobulin A (IgA). Sestava konstantne regije vsakega izotipa je enaka.