Anatomija reproduktivnega sistema vključuje tiste organe, tkiva in žile, ki sodelujejo v procesu razmnoževanja ali nastajanja enega ali več potomcev od moškega in ženskega starša. Za razliko od drugih sistemov človeškega telesa se anatomija reproduktivnega sistema pri moških in ženskah bistveno razlikuje. Pri ženskah so glavni organi nožnica, maternica in jajčniki, pri moških pa so glavni organi razmnoževanja penis, mošnja in moda. Jajcevodne cevi in maternični vrat povezujejo te organe v ženskem reproduktivnem sistemu, pri moških pa žile vključujejo epididimis in semenovod. Razprava o anatomiji reproduktivnega sistema mora vključevati tudi njegove najmanjše enote, semenčico pri moških in jajčece ali jajčece pri ženskah.
Tako pri moških kot pri ženskah lahko anatomijo reproduktivnega sistema razdelimo na zunanje in notranje organe. Ženski zunanji organ pogosto imenujemo nožnica. Ta organ pa je tehnično notranji kanal, ki vodi moško spermo v maternico.
Zunanje ženske genitalije vključujejo zaščitne velike sramne ustnice, velike gube, ki obdajajo preostale zunanje organe: male sramne ustnice, klitoris in Bartholinove žleze. Male sramne ustnice so manjše gube, ki ščitijo vaginalno odprtino, pa tudi odprtino v sečnico ali sečni trakt. Klitoris je majhen, z živci napolnjen organ pred vaginalno odprtino, ki je homologen moškemu penisu. Ženske imajo tudi Bartholinove žleze, ki sproščajo izločke, ki zagotavljajo začetno mazanje penisa ob vstopu v nožnico.
Zunanji organi moškega reproduktivnega sistema vključujejo penis, moda in mošnjo. Penis je organ, ki omogoča semenčici, da med seksom ali vaginalno penetracijo doseže žensko jajčece. Gosta s krvnimi žilami postane med vzburjenjem pokončna zaradi hitrega pretoka krvi v to regijo, kar ji omogoča, da prodre v žensko nožnico. Za penisom je mošnja, zunanja vrečka, ki vsebuje in ščiti seznanjena moda. Ti testisi ali moda so organi, ki proizvajajo spermo, moške reproduktivne celice.
Anatomija reproduktivnega sistema mora vključevati tudi notranje organe razmnoževanja. Pri ženskah so to nožnica, maternica in jajčniki. Nožnica je le nekaj centimetrov globok razširljiv kanal, ki vodi v maternico in skozi katerega gre otrok med porodom. Na zadnji strani nožnice je maternični vrat, odprtina, skozi katero prehaja sperma na poti v maternico. Maternica je prostor, kjer plod raste med nosečnostjo, poleg tega pa se lahko zelo razširi.
Na obeh straneh zgornjega dela maternice vodijo jajcevodi do jajčnikov, ženskih spolnih organov. Ti organi proizvajajo jajčeca ali jajčeca, ki se sproščajo vsak mesec, da bi jih oplodila moška sperma. Če se to ne zgodi, se izločijo iz telesa skupaj s sluznico maternice, kamor bi se oplojeno jajčece vtaknilo ob spočetju, v obliki menstruacije.
Notranja anatomija moškega reproduktivnega sistema vključuje sečnico, semenovod in epididimis. Začenši z odprtino na konici penisa je sečnica notranja posoda, ki odvaja seme, tekočino, ki vsebuje spermo, in urin iz telesa. Vodi do semenovoda, cevi, ki prinaša seme v sečnico.
Enota za shranjevanje testisov je epididimis. Nahaja se za vsakim modom in je cev, v kateri se hranijo semenčice, ki jih proizvajajo moda, dokler niso dovolj zrele, da lahko oplodijo žensko jajčece. Med vzburjenjem se te celice sprostijo iz epididimisa v semenovod, kjer se pomešajo s semensko tekočino in tvorijo seme, ki se bo med ejakulacijo sprostilo v žensko nožnico.