Postopek za tonzilektomijo vključuje anesteziranje bolnika, vstavitev nosne dihalne cevi, odpiranje ust, odstranitev tonzil in ustavitev krvavitve. Tonzilektomija je običajno enourni ambulantni poseg, okrevanje pa traja en do dva tedna. Ta postopek je običajno priporočljiv, kadar pogosti tonzilitisi povzročajo spalno apnejo ali težko požiranje in dihanje. Adenoidi se včasih odstranijo tudi med tonzilektomijo.
Pred začetkom postopka odstranitve tonzilektomije bolniku damo pomirjevalo, da se sprosti. V roko bo nameščena intravenska linija za dajanje tekočin in antibiotikov. Ko ste v operacijski sobi, se bo kirurški poseg za tonzilektomijo začel z dajanjem splošne anestezije. Da bi ohranili usta čista za operacijo, se dihalna cev vleče skozi nos in nato v grlo. Nato se usta odprejo, jezik odmaknejo in po potrebi zadnji del grla prekrijejo z bombažem, da se zbere kri.
Obstaja več metod, s katerimi lahko odstranite tonzile. Tonzile lahko odrežemo z rezilom skalpela, laserjem ali mikrodebriderjem, vrtljivim rezalnim instrumentom s sesanjem. Dve novi tehniki, ki se včasih uporabljata, bodisi razgradita tkivo tonzil z uporabo radiofrekvenčne energije ali uničita tkivo tonzil z električno toplotno sondo. Ko so tonzile odstranjene, se krvavitev ustavi s kavterizacijo rane ali z uporabo drobnih šivov. Postopek odstranitve tonzilektomije običajno traja približno eno uro.
Po odstranitvi tonzilektomije bo bolnik nameščen v sobo za okrevanje, dokler anestezija ne mine in se lahko odstrani dihalna cev. Večina tonzilektomij se opravi kot ambulantno ali pa bo zahtevala le eno noč v bolnišnici. Po operaciji se bolniku naroči, naj pogosto pije, jedo majhne količine mehke hrane in po potrebi dobi zdravila proti bolečinam. Takojšnja bolečina bo v grlu, čeljusti in vratu. Bolečina v grlu lahko traja en do dva tedna.
Adenoidi so limfno tkivo, ki se nahaja tik nad tonzilami in se pogosto okuži skupaj s tonzilami. Kadar se skupaj s tonzilitisom pojavlja pogost in vztrajen adenoiditis, jih lahko odstranimo tudi med tonzilektomijo. Kirurški postopek je enak za obe ekstrakciji, dodana odstranitev adenoidov pa običajno podaljša operacijo le za približno 30 minut.