Začasna ileostoma se uporablja za preusmeritev črevesne vsebine stran od dela črevesja, ki bi se morda moral zaceliti po operaciji, na primer za odstranitev raka. Del tankega črevesa ali ileuma bo prinesel na površje in se odprl na kožo skozi luknjo, znano kot stoma, kar bo omogočilo zbiranje odpadnih snovi v vrečko. Ko je čas, da se črevo ponovno poveže, se postopek razlikuje glede na vrsto ileostomije, ki je bila prvotno ustvarjena. Preprosta odstranitev ileostome z zanko lahko vključuje rezanje dveh odprtih koncev črevesja stran od kože, ju spet skupaj in vrnitev v trebuh. Odstranitev končne ileostome je bolj zapletena, ker ga je treba po ločitvi enega kosa črevesja od stome povezati s kosom črevesja, ki je znotraj trebuha, kar zahteva bodisi abdominalni rez ali operacijo ključavnice.
Pri bolnikih, ki so imeli ileostomijo z zanko, bodo zanko tankega črevesa izvlekli skozi luknjo v trebuhu in jo prepolovili, tako da bosta dva odrezana konca ostala odprta skozi stomo. Postopek odstranitve ileostome se lahko izvede le, ko se črevesje popolnoma zaceli in mišice zapiralke, ki nadzorujejo prehod blata iz telesa, delujejo ustrezno. Bolniki lahko izvajajo vaje za toniranje mišic analnega sfinktra v tednih pred operacijo. Da bi se oteklina in brazgotinsko tkivo umirili, odstranitve ileostome običajno ni mogoče izvesti, dokler ne mine približno devet tednov po prvotni operaciji.
Za izvedbo dejanske odstranitve ileostome je potrebna manj kot ena ura, vendar bo morda potrebno bivanje v bolnišnici do pet dni. Običajno so dovoljene samo tekočine dan pred operacijo, po polnoči pa sploh nič. Kirurg prereže kožo in navzdol v trebuh, pri čemer naredi krožni rez, ki sega vse do stome. Oba konca črevesja se nato spneta ali zašijemo in postavita nazaj v trebušno votlino, pri čemer na koži trebuha ostane le majhna rana. Po posegu je normalno, da je sprva samo tekočina, dan po operaciji pa počasi napreduje v trdno.
Bolniki, ki so imeli končno ileostomijo, morajo običajno preživeti v bolnišnici več dni, morda do deset, okrevanje pa običajno traja dlje. Operacija odstranitve ileostome lahko vključuje ponovno odpiranje abdominalne incizije iz prvotne operacije, da doseže en konec črevesja. Ta se nato lahko poveže z drugim koncem črevesja, ki je bil ločen od stome. Občasno je mogoče končno ileostomijo obrniti z laparoskopskimi ali kirurškimi tehnikami s ključavnico.