Medtem ko se probiotiki na splošno štejejo za koristne črevesne bakterije, potrebne za vitalnost brez toksinov, so prebiotiki neprebavljivi prehranski materiali, ki hranijo te probiotične mikroorganizme in spodbujajo njihovo dobro počutje. Prebiotiki v prehrani, ki so na voljo v nekaterih žitih in zelenjavi, lahko spodbujajo fermentacijo v prebavnem traktu. To sproži boljše ravnovesje črevesne flore, za katero so študije dokazale, da lahko izboljša imuniteto, olajša prebavne motnje, zniža holesterol in potencialno zmanjša možnost za nastanek raka debelega črevesa.
Brez prebiotikov probiotične kolonije ne bi uspele, da bi postale čim bolj raznolika vojska mikroorganizmov, vključno z več desetimi vrstami prebavnih dobrot, kot sta laktobacili in bifidobakterije. Prebiotiki v prehrani služijo za aktiviranje in optimizacijo probiotične aktivnosti. Teh organizmov z imeni, kot so oligosaharidi, fruktooligosaharidi (FOS), galaktooligosaharidi (GOS), inulin in oligofruktoza, človeško telo ne more prebaviti.
Da se spojina šteje za prebiotik, mora imeti določene značilnosti. Najpomembnejša med njimi je njegova sposobnost, da prenese kislo naravo želodca. Poleg tega morajo prebiotiki v prehrani podpirati nekatere ali vse vrste koristne črevesne flore in spodbujati vitalnost teh organizmov s selektivno fermentacijo. To dejanje naj bi pomagalo pri razstrupljanju črevesnega trakta in sproščanju potencialno škodljivih patogenov.
Probiotike lahko prehrani dodate tako, da povečate vnos jogurta ali, za vegane, drugih fermentiranih živil, ki jih vsebujejo – od vložene zelenjave in miso juhe do kombucha čaja in mesnega nadomestka tempeh. Imeti prebiotike v prehrani pomeni dodajanje drugih vrst živil na jedilnik, in sicer artičoke, šparglje, radič, česen, por, oves, čebulo, sojo in pšenico. Tisti, ki želijo optimizirati vnos enega ali drugega, se pogosto obrnejo na prehranska dopolnila, kupljena v trgovini. Lahko jih kupite kot prebiotični kompleks ali kombinacijo prebiotikov/probiotikov. Potrošnike pozivamo, da upoštevajo navodila proizvajalca glede pravilnega odmerjanja.
Glede na potrošniški vodnik iz leta 2009 Mednarodnega znanstvenega združenja za probiotike in prebiotike je bila študija koristnih prebiotikov v veliki meri omejena na to, kako spodbujajo delovanje laktobacilov in bifidobakterij v črevesju. Prihodnja študija pa se bo osredotočila na to, kako bi druge vrste prebiotikov v prehrani lahko koristile drugim vrstam koristnih bakterij. Organizacija poziva potrošnike, naj iščejo potrjena sredstva za fermentacijo v vseh dodatkih, ki jih kupijo, kot so inulin, FOS ali GOS. Druge manj preizkušene spojine bi lahko bile vključene v dodatek, vendar te še vedno veljajo za kandidate, kot so palatinoza, polidekstroza in sladkorni alkoholi, kot sta maltitol ali sorbitol.