Prebavni sistem in homeostaza človeškega telesa sta neločljivo povezana, ker smo ljudje zaužitni heterotrofi, kar pomeni, da mora imeti telo mehanizem, s katerim lahko asimilira zunanji vir hrane. Da bi bil prebavni sistem in regulacija homeostaze uspešna, je treba bistvene hranilne snovi zaužitih živil rafinirati in manipulirati ter po potrebi popraviti in napolniti »obrabo« strukture prebavnega sistema. Poleg tega je vsak telesni sistem odvisen od razgradnje in asimilacije hranil za popravilo, izgradnjo in vzdrževanje tkiv. Za homeostazo prebavnega sistema je odgovornih veliko kemičnih, mehanskih in encimskih procesov.
Prebavo izvaja telo, ko se hrana premika po telesu v sistemu organov, ki je podoben transporterju, ki razgradi hrano v sprejemljivo gorivo za telesne celice. Proces se začne v ustih, ko se encimi prvič vnesejo s slino. Ena najbolj ugodnih povezav med prebavnim sistemom in homeostazo je vzdrževanje potenciala ravnotežja vodika (pH) v prebavnem traktu. Homeostaza v prebavnem traktu se doseže s sposobnostjo telesa, da dramatično spremeni pH iz sline, ki je le rahlo kisla, v zelo kislo želodčno okolje, ki hitro razgradi hrano in ščiti telo pred bakterijami in drugimi patogeni. Še bolj dramatična je sprememba pH v bistveno bazično okolje v tankem črevesu, ki je potrebna za pravilno delovanje encimov, specifičnih za črevesje.
Druga pomembna povezava med prebavnim sistemom in homeostazo v telesu je ohranjanje gostoljubnega ozračja za koristne bakterije. Uravnavanje pH v kombinaciji z drugimi dejavniki, kot je ohranjanje uravnoteženega razmerja encimov, omogoča koristni črevesni flori, kot sta acidofil in bifidobakterije, da pomaga telesu v boju proti manj zaželenim bakterijskim kolonijam, ki bi lahko povzročile potencialno smrtno nevarne okužbe in bolezni. Koristne bakterije imajo sposobnost razgraditi nekatere rakotvorne snovi in presnovke zdravil, za katere je dokazano, da povzročajo raka, bolezen, ki se širi s hudo degradacijo celotnega homeostatskega statusa v telesu. Koristne bakterije proizvajajo tudi vitamin K in druge različne biološke snovi, ki jih telo ne more proizvesti samo.
Ustrezno ravnovesje encimov, bakterij in pH večina zdravstvenih delavcev meni, da je glavna povezava med prebavnim sistemom in homeostazo. Bolniki, ki se odločajo o življenjskem slogu, ki spodbujajo ta stanja, imajo večjo verjetnost, da bodo ohranili zdravo telesno težo in bodo dobro hranjeni. Manj verjetno je, da bodo zboleli za resnimi boleznimi, kot sta rak in sladkorna bolezen.