Microsoft® Windows™ lahko znova namestite na enega od dveh načinov: nova namestitev ali namestitev nad prejšnjo različico. Nova namestitev ne ohrani prejšnjih nastavitev, nameščenih programov ali podatkov. Sistem je treba obnoviti iz nič. Če znova namestite Microsoft® Windows™ nad prejšnjo namestitvijo, se nastavitve in programi ohranijo. Včasih bo situacija zahtevala eno vrsto namestitve namesto druge.
Obstajajo okoliščine, ki zahtevajo novo namestitev, na primer, ko se sistem okuži z rootkitom. Rootkiti lahko prodrejo v operacijski sistem na tak način, da postane odstranitev problematična, če ne celo nemogoča. Edini način, da se prepričate o izkoreninjenju rootkita, je ponovno formatiranje pogona in uničenje vseh podatkov. Ko je pogon ponovno formatiran, lahko znova namestite Microsoft® Windows™ z uporabo zgoščenke, ki je bila priložena napravi, ali kupljene maloprodajne različice.
Disk operacijskega sistema (OS), ki je priložen računalniku, se včasih imenuje disk OEM (izdelovalec originalne opreme). Ta CD se lahko od maloprodajne različice razlikuje po tem, da ima morda manj možnosti za popravilo operacijskega sistema. V nekaterih primerih CD OEM omogoča samo nove namestitve. Vendar bi vam moral omogočiti zagon s CD-ja in preoblikovati pogon, da ga pripravite na novo namestitev. Za zagon s CD-ja boste morda morali spremeniti nastavitve BIOS-a matične plošče, ki so verjetno konfigurirane tako, da se najprej zaženejo s trdega diska.
V nekaterih primerih tudi po spremembi nastavitev BIOS-a CD OEM obrne postopek zagona na trdi disk, takoj ko zazna, da je nameščena kopija sistema Windows. Če se to zgodi, lahko uporabite pripomoček, kot je FreeDOS, da ustvarite zagonski CD, pri čemer se namesto s CD-ja Windows zaženete s CD-ja FreeDOS. Ko se zaženete v FreeDOS, uporabite ukaz fdisk, da odstranite particije trdega diska. To uniči vse podatke na disku. Zdaj se lahko zaženete s CD-ja Windows OEM. Zaznal bo pogon, vprašal, ali želite ustvariti particije in formatirati pogon, nato znova namestil Microsoft® Windows™ namesto vas.
Maloprodajne različice sistema Windows (in nekateri diski OEM) imajo možnost popravila sistema Windows. To možnost uporabite, če želite znova namestiti Microsoft® Windows™ nad prejšnjo različico, da ohranite nastavitve in nameščene programe. Postopek traja skoraj tako dolgo kot nova namestitev, nadomestne različice sistemskih datotek Windows pa bodo zamenjane z izvirniki. To pomeni, da boste morali po končanem postopku namestitve znova namestiti hitre popravke ali Microsoftove posodobitve, ki so bile izdane po izdelavi CD-ja.
Vedno je bolje, da znova namestite Microsoft® Windows™ v primerjavi s prejšnjo različico, če se lahko izognete, saj s tem prihranite neizmeren čas. Nova namestitev pomeni začetek znova, prilagajanje sistema iz nič, ponovno namestitev vsakega programa in ponovno konfiguracijo vsakega programa po okusu. Pomeni tudi zamenjavo podatkovnih datotek iz vira varnostne kopije ali njihovo izgubo, če varnostno kopiranje ni bilo izvedeno. V nekaterih primerih pa je nova namestitev edini način za popravilo poškodovanega ali okuženega sistema.