Obstaja več možnih vzrokov za razjedo penisa, vsak ima svoje posebne možnosti zdravljenja. Na splošno se razjede na kožnem tkivu zdravijo s kombinacijo antibiotikov, protivnetnih zdravil in protibolečinskih zdravil. Območja z razjedami morajo biti vlažna, da se spodbudi pravilno celjenje. Da bi zagotovili učinkovito dolgoročno olajšanje, je treba posebej obravnavati osnovni vzrok razjede; če je razjeda posledica sifilisa, na primer, je treba bolniku dati intramuskularno odmerke penicilina-G. Enako načelo zdravljenja velja za druge vzroke razjed penisa, vključno z rakom, šankroidom in herpesom.
Nujno je, da pacient ohrani razjedo penisa brez okužbe, saj lahko to povzroči resne zdravstvene zaplete. Zdravstveni strokovnjaki pogosto priporočajo uporabo lokalnih antibiotikov za preprečevanje potencialno škodljivih mikroorganizmov, razen če bolnik pokaže neželene učinke na zdravilo. V nekaterih primerih lahko uporaba antibiotikov prispeva k razjedi, zato je testiranje pred zdravljenjem pomemben dejavnik. V primeru, da antibiotikov ni mogoče uporabiti, so možna, čeprav bolj neprijetna alternativa lokalni antiseptiki.
Razjeda lahko povzroči oteklino, kar poveča bolnikovo nelagodje in oteži zdravljenje. Zdravniki priporočajo uporabo peroralnih ali lokalnih antihistaminikov za nadzor vnetja. Če zdravljenje ne more učinkovito zmanjšati otekline, se lahko bolniki odločijo za močnejše kortikosteroide za odpravo težave. Tako antibiotična kot protivnetna zdravila se lahko uporabljajo skupaj z zdravili proti bolečinam, da se zmanjša nelagodje pri bolnikih z razjedami na penisih.
Poleg teh splošnih zdravljenj je treba bolnike testirati in zdraviti za kakršna koli zdravstvena stanja, ki bi lahko prispevala k nastanku razjed na penisu. Razjeda na penisu lahko nastane kot posledica številnih spolno prenosljivih bolezni, zaradi česar mora bolnik obravnavati okužbo korenin. Herpes lahko obvladujemo s protivirusnimi zdravili, kot sta aciklovir in penciklovir, kar znatno zmanjša verjetnost nadaljnjega razvoja razjed. Okužbe s šankroidi pa je mogoče odpraviti z antibiotiki, kot sta azitromicin in eritromicin.
Rak penisa lahko povzroči tudi razjede. Tumorji, ki nastanejo v predelu genitalij, se lahko razjedejo, okoliška koža pa pogosto postane otrdela. Za takšne primere je na voljo več možnosti zdravljenja, vključno s kemoterapijo, radioterapijo in kirurško odstranitev tumorjev. Stopnje uspeha se običajno razlikujejo od bolnika do bolnika, zaradi česar je zdravnikom težko zagotoviti dolgoročno olajšanje. Vendar pa bo zdravljenje olajšalo obvladovanje raka in običajno zmanjša hitrost razvoja razjed.