Čeprav je cista jajčnikov med nosečnostjo precej pogosta, je običajno ni mogoče zdraviti z običajnimi metodami, saj se zdravila in zeliščna zdravila pogosto štejejo za nevarne za plod. Na srečo obstaja več naravnih načinov za zdravljenje bolečine in pomoč pri čiščenju ciste. Pitje veliko filtrirane vode lahko pomaga telesu pri soočanju s cisto jajčnikov, medtem ko lahko vroč obkladek olajša bolečino, ki je pogosto povezana s to težavo. Operacija je običajno rezervirana za cisto na jajčnikih med nosečnostjo, za katero se zdi, da ne izgine sama od sebe, in se običajno upošteva šele v drugem trimesečju. Večina zdravnikov raje spremlja cisto, preden sprejme kakršen koli ukrep.
Pitje veliko vode je običajno priporočljivo med vsako nosečnostjo, še posebej, če gre za cisto. To lahko pomaga pri čiščenju telesa in zmanjšanju pritiska na oba jajčnika, včasih pa omogoči, da cista izgine sama. Priporočljivo je, da se izogibate vodi iz pipe in ustekleničeni vodi, saj lahko včasih vključujejo majhne količine hormonskih zdravil, ki lahko poslabšajo cisto. Zato se lahko filtrirana voda šteje za naraven način za pomoč pri zdravljenju ciste na jajčnikih med nosečnostjo.
Za premagovanje neugodja, ki ga ciste pogosto prinašajo, lahko uporabite vroč obkladek, običajno v obliki grelne blazinice ali steklenice s toplo vodo. Namestiti ga je treba na medenico, ki je pogosto najbolj občutljivo območje, ko je prisotna cista na jajčniku. Vroč obkladek lahko zavijete v brisačo, da se izognete opeklinam, in nato položite na trebuh, da pomagate zmanjšati pritisk na jajčnike. Ta postopek morda ne bo za vedno odpravil bolečine, lahko pa vsaj nekaj časa pomaga ublažiti nelagodje, medtem ko čakate, da cista izgine.
Nekatere ciste na jajčnikih ne izginejo same in lahko celo zrastejo med nosečnostjo. Večina zdravnikov radi natančno spremlja cisto z ultrazvokom, da se prepriča, ali je benigna in ne raste, in verjetno priporočajo, da počakate, da izgine sama od sebe. Po drugi strani pa nekatere ciste bodisi zrastejo ali pa so že velike in jih je treba kirurško odstraniti. Pravzaprav se mnogi zdravniki odločijo odstraniti ciste, ki merijo več kot 2 palca (5.1 cm) v premeru, saj lahko počijo ali povzročijo veliko bolečine ženski. Če je med nosečnostjo potrebna operacija, da se znebite ciste na jajčnikih, zdravniki običajno počakajo do drugega trimesečja nosečnosti, da zmanjšajo tveganja tako za žensko kot za plod.